В первом эпизоде сцены в Пуэрто-Рико снимались в Сеймурском заповеднике в Северном Ванкувере, а аэропорт Майами — в развлекательном центре «Plaza of Nations» на северо-восточном берегу реки Фолс Крик на севере штата Невада и юге штата Айдахо. Крис Картер посчитал, что этот эпизод как раз подходит для того, чтобы в сериале впервые были показаны инопланетные существа - их изображения были специально растянуты во время монтажа, чтобы они выглядели выше и тоньше. Персонаж сенатора Ричарда Мэтсона получил своё имя в честь писателя-фантаста Ричарда Мэтсона - автора сценария для сериала «Сумеречная зона». Во время съёмок сцены побега агентов Малдера и Скалли от преследования военных актёры были вынуждены сами изображать звуки выстрелов. «Было очень сложно сконцентрироваться и не прыснуть со смеху» - так вспоминала о съемках Джиллиан Андерсон. А список пассажиров, который агент Скалли изучала в поисках Малдера - это реальный список фанатов сериала.
На написание сценария второго эпизода Криса Картера вдохновили глисты, обнаруженные у его пса, а также материалы про аварию на Чернобыле. Человека - червя сыграл Дэрин Морган, брат сценариста Глена Моргана. Чтобы загримировать его и полностью одеть в костюм, включавший ластообразные конечности, жёлтые контактные линзы и накладные зубы, требовалось почти 6 часов и носить этот костюм во время съёмок ему приходилось по 20 часов. Костюм не позволял Моргану дышать носом - он не мог есть. Также этот костюм быстро портился в воде и художнику по спецэффектам Тоби Линдале приходилось каждый день восстанавливать его. Для съёмок сцен на русском торговом судне ни один из кораблей не был доступен и под машинное отделение приспособили гидростанцию в городе Суррей в канадской провинции Британской Колумбии. Пришлось даже искусственно «состарить» оборудование при помощи краски, чтобы придать ему вид потрёпанной техники видавшего виды судна. Сцены на очистных сооружениях снимались на комбинате по очистке сточных вод острова Иона-Айлендс в Канаде, но некоторые сцены в канализационных коллекторах пришлось снимать в павильоне и в качестве консультанта Крис Картер привлёк своего отца, который когда-то работал строителем. В этом эпизоде беременность Джиллиан Андерсон стала более заметной и пришлось снимать сцены с нестандартных ракурсов и в пальто.
Третий эпизод зародился от фобии продюсера Глена Моргана — гематофобии (прим. страх перед кровотечением, переливанием крови, кровавыми ранами, потерей крови) , а также споров по поводу малатиона (прим. инсектицид широкого спектра действия используемый в сельском хозяйстве для борьбы с вредными насекомыми и клещами) , который активно распыляли в Южной Калифорнии. А Крис Картер хотел, чтобы в эпизоде упоминалось о считывании данных с электронных устройств, поэтому решили превратить факсы и мобильные телефоны во «что-то ужасное и пугающее». Массовый расстрел в Техасском университете в 1966 году дал толчок к созданию финальной сцены и был частично отснят в Университете Британской Колумбии. В нескольких сценах была использована копия интерьера университетской башни с часами, поскольку на территории университета было запрещено находиться с огнестрельным оружием. Необычным для сериала стало участие в съёмках актрисы из фильмов для взрослых Эшлин Гир – она сыграла Бонни Макробертс, женщину с фобией, которую цифровые послания электронных приборов подстрекали к убийствам.
На четвёртый эпизод сценариста Говарда Гордона подтолкнула собственная бессонница. По задумке Криса Картера из-за бессонницы персонажей должны были преследовать собственные воспоминания и вылезать из подсознания «демоны». В этом эпизоде появляется персонаж Алекс Крайчек и Картер начинает его развитие – делает Крайчека напарником агента Малдера. Сцены на станции, куда прибывал доктор Джирарди снимали на железнодорожном вокзале Ванкувера, но съёмки приходилось подгонять под график прибытия поездов. Также возникли сложности с массовкой - вместе с актерами были набраны бездомные и попрошайки с вокзала. Один из них даже начал драку с членом съёмочной группы так, что несколько человек из съёмочной группы и охрана вокзала не смогли их разнять - без помощи полиции не обошлось. Сцена в медицинском центре Нью-Джерси для ветеранов снималась в общественной больнице Ванкувера. Одиночная палата Августуса Коула была построена для съемок в служебном тоннеле больницы. Несмотря на отличный интерьер, создававший депрессивную атмосферу в кадре в эту больницу для съемок больше не вернулись, потому что в ней не было грузового лифта - оборудование и декорации приходилось таскать по лестнице вручную или пользоваться обычным лифтом, который не позволял поднимать тяжёлые грузы.
Пятый эпизод предполагалось снять как «мифологию» сериала, но беременность Джиллиан Андерсон изменила эти планы – ее персонажу нужно было исчезнуть. На эту историю Картера вдохновила история об американском строителе Финеасе Гейдже, который получил тяжёлое ранение головного мозга при прокладке железной дороги - металлический прут насквозь прошил его голову и его личностные особенности, поведение, эмоции изменились. Также вдохновил рассказ соседа Криса Картера - он утверждал, что его похитили пришельцы, сделавшие ему в зубах каналы и осмотр дантиста показал, что ни одним из известных медицине инструментов такую операцию провести нельзя. Инопланетных существ в начале эпизода изображали дети. А персонажа Дуэйна Бэрри Картер создавал специально под актёра Стива Рэйлсбэка. Первоначально этого персонажа звали Дуэйн Гэрри, но выяснилось, что в ФБР на самом деле существует такой сотрудник, поэтому имя пришлось изменить.
Шестой эпизод полностью зависел от беременности Джиллиан Андерсон. Она появилась всего в двух сценах этого эпизода, но «выкидывать» актрису из сериала не хотели, так что сценаристам пришлось обыграть ее беременность закрытием «Секретных материалов», разлучением главных персонажей и похищением агента Скалли. Дэвид Духовны сам выполнял все трюки в эпизоде, включая сцену, где он болтался на вагончике фуникулера. Съёмки сцен в горах прошли в один день в Северном Ванкувере, а виды в заднее стекло машины Бэрри снимались поблизости горы Сеймур.
Седьмой эпизод – это первый эпизод без агента Скалли - Джиллиан Андерсон в это время рожала свою старшую дочь. Был введён другой персонаж — Кристен Килар в исполнении Перри Ривз, которая на тот момент была девушкой Дэвида Духовны в реальной жизни. Клуб «Цепеш» был назван в честь владыки Валахии Влада Цепеша, более известного, как Влад-Колосажатель - прототип Дракулы. Сцены в клубе были сняты в закрывшемся ночном клубе, интерьер которого был полностью переделан для создания специфической атмосферы. В качестве массовки были задействованы посетители других ночных клубов Ванкувера. Местом съёмки возле и внутри дома Кристен стал особняк хоккеиста Павла Буре. Сам Буре присутствовал во время съёмок на площадке, раздавая автографы всем желающим. Однако не обошлось без неприятных инцидентов: разрешение на проведение съёмок продюсеры запрашивали у всех жителей данного жилищного сообщества и один из соседей Буре не дал разрешения на съёмку, а когда она все равно состоялась, подал на продюсеров в суд и выиграл неразглашаемую сумму. Съёмочная группа больше никогда не возвращалась в этот район.
В восьмом эпизоде вновь появляется Джиллиан Андерсон, которая за несколько дней до съёмок родила дочь и большую часть экранного времени она провела в больничной койке. Название эпизода произошло из стихотворения, которое отец Скалли произносит во время разговора с ней. А имя персонажа «Мыслитель» появилось от ника интернет-фаната - 'DuhThinker'. В эпизоде в роли Мелиссы Скалли снялась Мелинда Макгроу - роль писали специально для неё.
На создание девятого эпизода сценариста Говарда Гордона вдохновил просмотр выпуска новостей о проекте «Данте» — роботе-исследователе, созданном НАСА (прим. Национальное управление по аэронавтике и исследованию космического пространства) для изучения вулканов. Но так как Каскадные горы были слишком далеко от Ванкувера, чтобы использовать их в качестве съёмочной площадки, команде пришлось использовать ближайший лес, где нашлись скалистые участки. Декорации, которые использовались для съёмки обстановки полевого лагеря позже были проданы команде сериала «Часовой». Сцены внутри базы снимались на гидростанции Британской Колумбии. Для изображения внутренностей вулкана были построены специальные декорации, а съёмки поверхности велись с помощью крана.
В десятом эпизоде город Ладнер в Британской Колумбии послужил местом съёмок в роли Делты, а скотобойня снималась на заводе в Кловердейле с привлечением местных рабочих для сцен разделки и очистки туш. Этот эпизод — первый в серии упоминаний об одержимых. Последователи культа «Красного музея» считали, что 2012 год станет началом новый эры.
Одиннадцатый эпизод было сложно снимать. Начало съёмок принесло головную боль персоналу как во время самого съёмочного процесса, так и во время монтажа. Сценарий актёры и съёмочная группа увидели всего за 2 дня до начала процесса. Чтобы снять сцену с водой, вырывающейся из двери ванной, на съёмочную площадку пригласили специалиста по спецэффектам Дэйва Готье, который построил ёмкость из которой в коридор выливалось 3 300 галлонов (прим. 15000 литров) воды. Многие сцены были сняты в больнице Ривервью - лечебнице для душевнобольных, расположенной в городе Кокуитлам. Во время съёмок в этом месте несколько членов съёмочной группы утверждали, что слышали загадочные голоса и не осмеливались зайти глубже в здание.