8 апреля 1958 г. было принято постановление Президиума ЦК КПСС «Вопросы противоракетной обороны». КБ-1 (А.А.Расплетин, Г.В.Кисунько) 8 апреля 1958 года было принято постановление Президиума ЦК КПСС "Вопросы противоракетной обороны". КБ-1 (А.А.Расплетин, Г.В.Кисунько) была задана разработка аванпроекта системы ПРО Московского промышленного района А-35, НИИ-108 (В.П.Сосульников) и РТИ (А.Л.Минц) - разработка проектов станций дальнего обнаружения «Дунай-3» и ЦСО-П, ОКБ-2 (П.Д.Грушин) - разработка противоракеты В-1100 (А-350). Намечено ввести систему в строй в 1964 г.
В 1959 году лучшим был признан проект станции "Дунай-3". Станция ЦСО-П для системы ПРО была отвергнута. Расплетин отказался участвовать в создании системы. Кисунько завершил аванпроект системы А-35. Аванпроект был основан на методе четырех дальностей, при котором точные координаты атакующей боеголовки определялись одновременно тремя или четырьмя радиолокационными узлами со станциями, расположенными вокруг Москвы. Аванпроект был подвергнут острой критике Министерством обороны, признан непомерно сложным и затратным.
7 января 1960 г. принято постановление ЦК и Совмина «О создании системы ПРО Московского промышленного района». В мае 1961 г. под руководством Г.В.Кисунько выпущен доработанный эскизный проект одностанционной системы ПРО А-35. Точность определения координат атакующей боеголовки резко снизилась, поэтому Кисунько предложил ввести в состав системы противоракету с ядерной боевой частью. 3 июня 1961 г. принято постановление ЦК и Совмина о начале серийного производства средств системы ПРО А-35.
Летом 1961 г. на Балхашском полигоне начато строительство стрельбового комплекса «Алдан» для отработки будущей боевой системы А-35. 22 января 1962 г. в Москве завершено формирование управления РТЦ-81 по контролю за созданием объектов боевой системы А-35. Начальником управления назначен И.Е.Барышполец. Этот день считается днем рождения ПРО.
В октябре 1962 г. определен порядок строительства подмосковных объектов системы А-35. Подмосковный боевой комплекс получил название «Енисей». Всего намечено построить 16 стрельбовых комплексов на восьми объектах. Начаты строительные работы на трех объектах стрельбовых комплексов «Енисей» в Клину, Загорске и Наро-Фоминске, технической базы в Балабаново, ГКВЦ-2 и РЛС «Дунай-3» в Кубинке (ГКВЦ-1 в Солнечногорске был передан в СПРН).
В связи с решением о разработке проекта системы ПРО «Таран» в мае 1963 г. финансирование работ, производство средств и строительство объектов системы ПРО А-35 остановлено. В конце 1964 г., после отставки Н.С.Хрущева, возобновлены работы на всех объектах системы А-35 в Подмосковье и на Балхашском полигоне в соответствии с проектом, доработанным Г.В.Кисунько. Намечено сдать систему А-35 к 50-летию Великого Октября. Все работы по проекту «Таран» прекращены.
В 1965 г. начаты строительные работы на усовершенствованных стрельбовых комплексах «Тобол» системы ПРО А-35 в Клину, Загорске, Наро-Фоминске и Нудоли.
В сентябре 1967 г. на Балхашском полигоне начались испытания стрельбового комплекса «Алдан» системы А-35. 4 июня 1970 г. государственные испытания полигонного комплекса «Алдан» системы А-35 были завершены.
14 июня 1971 г. головной стрельбовой комплекс «Енисей» в Подмосковье принят в эксплуатацию. С этого времени стрельбовой комплекс «Енисей» считается комплексом первой очереди системы А-35. В августе 1971 г. начаты заводские испытания усовершенствованного стрельбового комплекса системы А-35 «Тобол» на головном объекте в Клину. С 16 декабря 1971 г. по 10 января 1972 г. проведены государственные испытания головного комплекса «Тобол» системы А-35. Комплексы «Тобол» были сданы в эксплуатацию уже в составе модернизированной системы А-35М.
3 апреля 1972 г. начаты государственные испытания первой очереди системы А-35 сокращенного состава с одним радиолокатором «Дунай-3». В мае 1973 г. первая очередь системы А-35 сокращенного состава с тремя стрельбовыми комплексами «Енисей» , противоракетами А-350Ж и одним радиолокатором «Дунай-3» принята в опытную эксплуатацию. В декабре 1974 г. вторая очередь строительства системы ПРО А-35 с двумя радиолокаторами «Дунай-3» принята в опытную эксплуатацию.