В пилоте крутящийся вихрь листьев, посреди которого стоит Билли Майлс в заключительной сцене, был создан при помощи компьютерной графики Мэттом Беком, специалистом по спецэффектам. Крис Картер назвал это «более сложным, чем высадка в Нормандии» (прим. - морская десантная операция, проведённая 6 июня 1944 года в Нормандии во время Второй мировой войны). А окончательная версия пилотного эпизода была смонтирована всего за три часа до её закрытого показа перед высокопоставленными сотрудниками телекомпании «Fox».
Прототипом героя «Глубокая Глотка» был реальный информатор - сотрудник ФБР Марк Фелт, который слил информацию журналистам о расследовании ФБР Уотергейтского скандала (прим. политический скандал в США 1972—1974 годов, закончившийся отставкой президента страны Ричарда Никсона). Также влияние на образ оказал Икс - герой фильма Оливера Стоуна «Джон Ф. Кеннеди. Выстрелы в Далласе».
Во втором эпизоде сцены, где агент Малдер проникает на авиабазу, были отсняты на настоящей авиабазе ВВС США. Но для этого пришлось переписать сценарий. Первоначальный вариант предполагал, что Малдер попадает на авиабазу днем, но во время съёмок солнце портило нужные ракурсы и сцену перенесли на ночное время. А зависшее над агентом Малдером НЛО Крис Картер назвал «худшим спецэффектом за весь сериал». Конструкция была построена при помощи взятого напрокат оборудования для дискотек.
В третьем эпизоде идея про убийцу, попадающего к жертвам через коммуникации, возникла у сценаристов Глена Моргана и Джеймса Вонга при виде шахты лифта, который находился снаружи их рабочего кабинета. А идея поедания человеческой печени Юджином Тумсом пришла в голову Крису Картеру после того, как он впервые попробовал во Франции фуа-гра. Для кадра, где Тумс проползает через дымовую трубу, продюсеры наняли конторсиониста — акробата, который изгибает тело в необычные формы. Компьютерная графика позволила вытянуть пальцы на руках акробата в кадре и добавить в кадр звук хрустящих суставов. Сцена, в которой Тумс проникает в квартиру агента Скалли, была снята при помощи хромакея.
В четвёртом эпизоде при подготовке к съёмкам группа рабочих, ответственная за установку указателей с вымышленными названиями заблудилась в лесу. Рисунок лица Руби двоичным кодом был создан ассистентом художника Грегом Льюеном и художником Вивьен Ниши, которые вручную написали цифры на большом плакате.
На написание сценария к пятому эпизоду Криса Картера вдохновило эссе американского биолога Эдварда Уилсона о муравьях и статья, поднимающая вопрос о людях, как о хищниках, пожирающих собственный хвост. Персонажа Картер создавал, руководствуясь мифами о джерсийском дьяволе, но «дьявол» Картера не имел ничего общего с мифическим существом. Для воплощения был использован костюм оборотня, созданный Грегом Кэнномом – специалистом по гриму для другого проекта. В некоторых сценах актрисе Клэр Стэнсфилд – «джерсийскому дьяволу» было необходимо появиться обнаженной, для чего её одевали в специальный костюм или закрывали грудь волосами.
Авторы сценария седьмого эпизода Говард Гордон и Алекс Ганса признались, что на момент съемок не владели компьютером в достаточной степени и это отрицательно сказалось на качестве сценария. Гордон даже назвал этот эпизод «худшим эпизодом первого сезона».
Во время съёмок восьмого эпизода стояла теплая, солнечная погода, поэтому из зимней одежды актёров были удалены утепляющие подкладки. В качестве червей использовались личинки мучного жука. Но изначально была идея одеть змей в латексные костюмы, от которой отказались. Эффект червей, ползающих внутри тела – это провода, протянутые под искусственной кожей. Также для съемок было изготовлено искусственное собачье ухо с шерстью. Эффекты червя, плавающего в банке и заползающего в ухо собаки были созданы при помощи компьютерной графики.
В десятом эпизоде невидимый пришелец убивал людей при помощи сильного радиоактивного воздействия. Крис Картер сделал его невидимым специально - для большего устрашения. Сценарий предусматривал внешний вид, напоминающий динозавра размером с человека. В сцене прорыва пришельца через электронное ограждение его сыграла танцовщица. Для создания нужной формы тела костюмеры одели её в костюм оранжевого цвета, набитый подушками - внешне это выглядело смешно: большая заострённая голова (был одет велосипедный шлем), горб на спине и вытянутый зад. А вот для левитирующего перед собственным похищением Макса Фенига компьютерные спецэффекты не потребовались - актёр был поднят в воздух при помощи струн для пианино.
Съемки двенадцатого эпизода были трудными из-за постановки трюков, в которых используется огонь. В сцене, где агент Малдер и Сесил Лайвли смотрят друг на друга из разных концов коридора дома Марсденов и Лайвли поджигает весь коридор, Марк Шеппард, игравший Лайвли, уклоняется из кадра, чтобы защититься от сильного жара. А вот Дэвид Духовны при съёмках этой сцены обжёг руку – у него остался небольшой шрам.
Четырнадцатый эпизод стал режиссёрским дебютом Роба Боумана, Несколько сцен должны были сниматься при скудном освещении керосиновой лампы, но от этого отказались из-за плохого качества картинки. Сложности были и при съёмках сцены подземного лабиринта: из-за маленького пространства сцены с участием Дэвида Духовны не удалось снять с нескольких углов сразу и их пересъёмка отняла еще один день сверх графика. В этом эпизоде впервые появился актер Николас Ли, сыгравший эпизодическую роль.
Пятнадцатый эпизод открывает сцена ограбления банка. Это снимали в Ванкувере - игра актера Джейсона Скомбинга была так реалистична, что некоторые очевидцы подумали, что ограбление настоящее.
Восемнадцатый эпизод сценарист Говард Гордон с Крисом Картером писали дома у Картера: «Мы просто пошли в мою гостиную, поставили перед собой доску и через несколько часов вышли с этой историей». Сцены, снятые в шатре священника, были сделаны за один день и в них участвовало около 300 человек массовки. Пришлось даже нанять специалиста, который ставил произношение актёрскому составу массовки – нужно было изобразить акцент жителей южных штатов.
Основная часть девятнадцатого эпизода была снята в Бордертауне — классическом городке времён Дикого Запада, построенном специально для съёмок фильмов. Место съемок было покрыто галькой, но сильные дожди размыли дорогу и оставили много грязи - оборудование и транспорт увязли. Сцена с погребальным костром снималась в естественном свете обыкновенного костра, а индейцы были отобраны после нескольких встреч режиссёра Дэвида Наттера с канадскими индейцами в Ванкувере. Сложный гримировочный процесс по превращению Лайла Паркера в оборотня занимал около 3-4 часов. По словам актера Тая Миллера, самым трудным было привыкнуть к контактным линзам. Также клыкам - они были очень острыми и требовалось быть осторожным, чтобы не пораниться.
В двадцать первом эпизоде сценарист Глен Морган подумал о страшном существе, живущим под эскалатором в торговом центре и решил, что Юджин Тумс подходит - так Тумс стал первым в истории сериала повторно появившимся персонажем. Заключительная сцена эпизода, где Тумс свил себе гнездо, была сложной: сцена снималась в городском торговом центре Ванкувера и на проведение съёмок было необходимо получить разрешение от владельца каждого магазина в здании. Кроме того, потребовались особые меры предосторожности, чтобы сценическая кровь не попала в двигатель эскалатора и не нанесла ущерба. А еще актер Даг Хатчисон решил, что его персонаж появится голым, а его тело и гнездо будет покрывать желчеподобная субстанция - сахарная глазурь c пищевым красителем. Но вот избавиться от такого грима после съёмок Хатчисону и съёмочной группе стоило немалых усилий, так как при удалении глазурь отдиралась только вместе с волосами.
В двадцать четвёртом эпизоде продюсеры узнали о неожиданной беременности Джиллиан Андерсон – им пришлось менять основную сюжетную линию сериала. Сцена, в которой из тела доктора Уильяма Секаре появляется ядовитый газ - это реальный случай с Глорией Рамирес, который произошел в Калифорнии в феврале 1994 года. Страдавшая от последней стадии рака Рамирес попала в реанимацию и во время операции несколько сотрудников больницы упали в обморок, тогда как другие испытали нехватку воздуха и мышечные спазмы. В ходе съёмок возникали сложности - в сцене в лаборатории Беруби хотели, чтобы обезьяны «бесились» по команде, но животные так реагировать на людей могут не всегда. В сцене с замороженным эмбрионом пришельца кукла начала быстро таять после включения освещения. В результате, было принято решение поменять углы падения света при съемках. Сцена всплытия доктора Секаре была сделана при помощи подъёмного крана, поднимавшего платформу на которой стоял актёр Саймон Уэбб. По окончании съёмок все узнали, что Саймон Уэбб боится воды.