Основали кочевники-туареги в XII в., и благодаря близкому расположению к реке Нигер он быстро превратился в один из богатейших городов мира. Караваны привозили сюда рабов, слоновую кость, золото и соль, затем их отправляли дальше, на север или юг. Потрясающие богатства Тимбукту прославились на весь мир. К XV в. город исполнял роль интеллектуально-духовного центра, а в 120 библиотеках накопилось феноменальное собрание манускриптов.
В 1591 году в страну вторглись наемники из Марокко, на город совершали нападения местные племена. В 1898 г. Мали оккупировали французы и увезли многие собрания библиотек в Европу. При этом оставшиеся манускрипты были надежно спрятаны в пустыне.
Сегодняшний Тимбукту неряшлив, пылен и беден, однако его узкие, выжженные солнцем улицы во многом остаются такими же, как и сотни лет назад.