Налоговые органы взаимодействуют с уполномоченными государственными и местными исполнительными органами, разрабатывают и принимают совместные меры контроля в соответствии с законодательством Республики Казахстан, обеспечивают взаимный обмен информацией.
Уполномоченные государственные и местные исполнительные органы обязаны оказывать содействие налоговым органам в выполнении задач по осуществлению налогового контроля.
Налоговые органы при осуществлении налогового администрирования взаимодействуют с Государственной корпорацией "Правительство для граждан" и с уполномоченными государственными органами, осуществляющими государственную регистрацию, перерегистрацию, снятие с учетной регистрации юридических лиц, в области государственной статистики, осуществляющими учет и (или) регистрацию объектов налогообложения и объектов, связанных с налогообложением, выдающими лицензии, свидетельства или иные документы разрешительного и регистрационного характера, осуществляющими регистрацию физических лиц по месту их жительства в Республике Казахстан, осуществляющими регистрацию актов гражданского состояния, осуществляющими совершение нотариальных действий, опеки и попечительства, транспорта и коммуникаций, осуществляющими государственное регулирование в сфере недропользования в соответствии с законодательством Республики Казахстан о недрах и недропользовании, осуществляющими внешнеполитическую деятельность и другими уполномоченными государственными органами, определяемыми Правительством Республики Казахстан.
Уполномоченные органы представляют в налоговые органы сведения, которые в дальнейшем анализируются, проводится сверка с данными форм налоговой отчетности по вопросу начисления и своевременной уплаты налогов и платежей в бюджет.
С целью пополнения доходной части местного бюджета по инициативе Департамента государственных доходов по СКО акимом Северо-Казахстанской области утвержден «План мероприятий по усилению взаимодействия с уполномоченными органами по увеличению поступлений в местный бюджет на 2019-2021 годы». В рамках проведенных совместных мероприятий по состоянию на 1 декабря 2019 год взыскано в местный бюджет 1 325 млн тенге.