За исключением заказных «расследований», Фонд борьбы с коррупцией Алексея Навального также осуществляет свою работу в рамках двух дополнительных проектов: «РосЯма» и «РосЖКХ». Деятельность ведется открыто, что следует из официальной информации на сайтах проектов.
9 октября 2019 года Министерство юстиции Российской Федерации официально объявило Фонд борьбы с коррупцией иностранным агентом, поскольку были выявлены многочисленные факты получения организацией зарубежного финансирования. В соответствии с российским законодательством, официальные ресурсы НКО-иноагента должны содержать соответствующую маркировку, которая по непонятным причинам полностью отсутствует на сайтах проектов «РосЯма» и «РосЖКХ».
За подобное нарушение установлен крупный штраф до 500 тысяч рублей за каждый отдельный случай.
Таким образом, Фонд борьбы с коррупцией за прямое игнорирование требований работы НКО-иноагентов его проектами «РосЯма» и «РосЖКХ» может быть оштрафован на 1 млн. рублей.