Мустафа родился в Манисе в 1515 году. Еще до него у отца Сулеймана было 2 сына, которые умерли от оспы, и Мустафа стал единственным наследником на трон.
Но у будущей жены Сулеймана Хюррем-Султан рождается сын Мехмед, который стал конкурентом на права владением троном.
Самым главным для шехзаде являлось заслужить уважение среди янычар, что и сделал Мустафа - они его уважали и любили.
В 1533 году Мустафа назначен Сулейманом санджак-беем Манисы. В народе шел слух, что Султан видит в Мустафе своим преемником на трон.
У шехзаде были конкуренты на трон - сыновья Хюррем Султан Мехмед, Селим, Баязет и Джихангир, который был калекой и сам не хотел занимать место на троне. Но вскоре от оспы умер Мехмед, старший из сыновей Хюррем-Султан, и тогда у Мустафы остается два соперника на трон - Селим и Баязет.
Хюррем хотела видеть на троне только своих сыновей, и по этому она со своем зятем великим визирем Рустемом пашой устраивает козни и
против Мустафы. Рустем-Паша предложил ступить в армию отца и в тоже время сообщил Султану что Мустафа идет против него с армией свергнуть его с трона.
Султан поверил, что сын хочет его свергнуть с трона и приказал казнить своего сына Мустафу.
Сулейман в персидском походе позвал своего сына в шатер и там Мустафа был казнен палачами.
Мустафу похоронили в Бурсе, где для него по приказу Селима 2-го построили мавзолей, там же с ним похоронили его мать - Махидевран Султан.