5. Торпедо
Торпедо» (Москва) — вылетело по спортивному принципу из первой лиги, а затем по безалаберности руководства клуб было отзаявлено из второй лиги, из-за планировавшегося объединения с уже играющим там «Торпедо-РГ», но из-за разногласий сделка не состоялась, сроки лицензирования были пропущены, и «автозаводцы» оказались вынуждены на сезон уйти в ЛФЛ.
4. фк Москва
Москва» — успевший заработать себе имя клуб снялся с чемпионата России и заявился сразу в ЛФЛ, официальная причина — отказ основного акционера в лице «Норильского никеля» содержать клуб (хотя назывались и политические причины), через год прекратил свое существование.
3.фк Сатурн
Сатурн» (Раменское) — подмосковный клуб добровольно снялся с чемпионата России из-за долгов, после чего прошел процедуру банкротства, был возрожден на основе дубля в ПФЛ;
2.Динамо Санкт-Питербург
Динамо» (Санкт-Петербург) — вылетело из первого дивизиона и заявилось в ЛФЛ, но затем снялось и было в очередной раз расформировано из-за ухода единственного спонсора.
1.Нижний Новгород
«Нижний Новгород» — команда чуть не вышла в РФПЛ, но в итоге прекратила свое существование, объединившись с выступавшей в элите «Волгой», позже была возрождена болельщиками, но из-за финансовых проблем исчезла, впоследствии такое название получил местный «Олимпиец».