В апреле 1903 года в Кишиневе произошел еврейский погром. Погибло 50 человек, 600 человек получили различные травмы. Кишиневские события привлекли внимание всей империи. Будущий святой Иоанн Кронштадтский сначала не поддержал погромы, сказав в одной из проповедей, что погромщики "устроили скверноубийственный праздник сатане". Но позже Иоанн взял себя в руки, пообщался с друзьями-антисемитами, подумал и переложил всю ответственность на пострадавших:
Из последующих (за первыми) газетных известий о кишиневском погроме, я достоверно убедился, что евреи сами были причиною того убийства, увечий и убийств, которые ознаменовали 6 и 7 числа апреля. Уверился я, что христиане, в конце концов, остались обиженными, а евреи за понесенные убытки и увечья сугубо награжденными от своих и чужих собратий. Это я знаю и из частных писем, писанных мне самыми искренними, давно живущими в Кишиневе и основательно знающими дело людьми. А потому взываю к христианам кишиневским: простите исключительно только к вам обращенную мною укоризну в совершившихся безобразиях. Теперь я убежден из писем очевидцев, что нельзя обвинять одних христиан, вызванных на беспорядки евреями, и что в погроме виноваты преимущественно сами евреи.
Письмо Иоанна Кронштадтского кишиневским христианам было опубликовано в националистической газете "Знамя", которая в том же 1903 году печатала так называемые "Протоколы сионских мудрецов".
Непосредственной причиной погрома в Кишиневе был инцидент, произошедший в небольшом городке Дубоссары, в котором исчез, а потом был найден убитым четырнадцатилетний подросток Михаил Рыбаченко.
Местная газета "Бессарабец" на своих страницах подняла обсуждение возможной ритуальной подоплёки данного убийства. Активно выдвигалось предположение, что подросток был похищен и обескровлен евреями с целью использования его крови в каком-то ритуале. Статьи вызвали волнения среди жителей города и усилили существовавшие предрассудки и суеверия против евреев.
Тем временем, в городе прошёл слух, что царь лично издал секретный указ, разрешающий грабить и избивать евреев в течение трёх дней после Пасхи. За неделю до праздника в общественных местах города появились листовки, которые повторяли напечатанную ранее в «Бессарабце» антисемитскую клевету и призывали добропорядочных христиан к действиям против евреев во имя царя. В итоге в воскресенье днём 6 (19) апреля 1903 года — на последний день еврейской Пасхи и в первый день Пасхи православной — из толпы, собравшейся на площади, полетели первые камни в еврейские дома. Было положено начало кишиневскому еврейскому погрому.
Кишинёвский погром получил большой общественный резонанс в России, Европе и Америке начала XX века. Был организован Комитет по оказанию помощи пострадавшим от погрома, в который поступило около одного миллиона рублей из городов России и всего мира и в который среди прочих перечислил свой гонорар и певец Ф. И. Шаляпин. Погрому по следам событий посвятил очерк «Дом № 13» писатель А. В. Короленко.