Первое упоминание — в 1693 году как село Кириши.
В конце XVIII века деревня Кириши входила в имение Сольцы Новоладожского уезда Новгородской губернии, которым владел Александр Федосеевич Бестужев — отец братьев декабристов Бестужевых.
Село Киреши упоминается на карте Санкт-Петербургской губернии 1792 года А. М. Вильбрехта
На карте Санкт-Петербургской губернии Ф. Ф. Шуберта 1834 года, упоминается деревня Кириши, состоящая из 24 крестьянских дворов.
КИРЕШ — деревня принадлежит полковнице Хвостовой, число жителей по ревизии: 56 м. п., 52 ж. п. (1838 год)
КИРЕШ — деревня г. Чеглоковой и г. Рогинского, по просёлочной дороге, число дворов — 9, число душ — 28 м. п. (1856 год)
КИРЕШ (КИРИШИ) — деревня владельческая при реке Волхове, число дворов — 23, число жителей: 89 м. п., 102 ж. п.; Часовня православная. (1862 год])
Согласно материалам по статистике народного хозяйства Новоладожского уезда 1891 года, одно из имений при селении Киреши площадью 1606 десятин принадлежало полковнику А. И. Дзичканецу, имение было приобретено частями в 1874, 1882 и 1883 годах за 18 057 рублей, второе имение принадлежало мещанке М. И. Сергеевой, имение было приобретено до 1868 года.
К началу XX века деревня Кириши входила в состав Солецкой волости 5-го земского участка 1-го стана Новоладожского уезда Санкт-Петербургской губернии.
По данным «Памятных книжек Санкт-Петербургской губернии» за 1900 и 1905 годы, имение Киреши площадью 1632 десятины принадлежало наследникам жены генерал-майора Надежды Фёдоровны Клейгельс.
В 1920-х годах было открыто железнодорожное движение по линии Ленинград — Мга — Сонково, построен мост через р. Волхов и возникла железнодорожная станция Кириши. Вокруг станции началось строительство рабочего посёлка, который тоже назвали Кириши. В нём был построен комбинат стандартного домостроения и началось строительство крупного лесохимкомбината и спичечной фабрики (было прервано войной).
Постановлениями Президиума Леноблисполкома от 11 марта и 28 апреля 1931 года, утверждёнными Президиумом ВЦИК 30 сентября 1931 года, село Сольцы было переименовано в село Кириши, Солецкий сельсовет в Киришский сельсовет, а также в село Кириши из села Андреево был перенесён районный центр, в связи с чем Андреевский район был переименован в Киришский район.
В 1932 году к Киришскому району была присоединена бо́льшая часть Будогощенского района.
По данным 1933 года в состав Киришского сельсовета Киришского района входили: деревни Кириши, Красново, Большое Мирятино, Малое Мирятино, Новинка, Осташкино, Плавницы, село Сольцы и хутор Чадра, общей численностью населения 2955 человек.
27 декабря 1933 года Президиум ВЦИК постановил: «4. Отнести к категории рабочих посёлков следующие вновь возникшие населённые пункты: …б) населённый пункт при Киришском деревообделочном комбинате, Киришского района, присвоив вновь образованному рабочему посёлку наименование „Кириши“».
По данным 1936 года в состав Киришского сельсовета входили 8 населённых пунктов, 534 хозяйства и 5 колхозов.
Во время Великой Отечественной войны здесь шли ожесточённые бои. На правом берегу р. Волхов образовался Киришский плацдарм, который удерживали силы немецко-фашистской 18-й армии. Посёлок был почти полностью разрушен. После войны решено было его не восстанавливать, а центр Киришского района был перенесён в Будогощь.
В 1961 году в Киришах началось строительство нефтеперерабатывающего завода. В 1963 году Киришская стройка была объявлена Всесоюзной Ударной Комсомольской стройкой. 12 января 1965 года посёлок Кириши получил статус города и вновь стал административным центром Киришского района.
В январе 1967 года город Кириши отнесён к категории городов областного подчинения.
В 1972 году начато строительство биохимзавода по выпуску белково-витаминного концентрата (БВК), электрифицирована железная дорога Мга — Кириши, открыт историко-краеведческий музей.
В 1990-х годах с началом периода перестройки и гласности г. Кириши стал известен в связи с экологическим движением против вредных производств биохимического завода. Эти события в частности были отражены в документальном фильме «Мы». Ныне завод заброшен.
В 2004 году открыт Центр водного спорта.
1 января 2006 года город Кириши вошёл в состав Киришского района как городское поселение.