Символика Андреевского флага уходит корнями в глубокую древность. Апостол Андрей был братом Апостола Петра - Петра-хранителя. И царь Петр I считал его также своим божественным покровителем. Оба брата ловили рыбу в Галилейском море, что обусловило их покровительство над морской торговлей. Андрей был первым, кто был призван к себе Христом. Из-за этого он был назван Первозванным. Согласно Библейской легенде, Апостол Андрей также является покровителем земель, заселенных славянами. В Киеве он оставил наперстный крест, после этого, когда он посетил Новгород и расположенный рядом Волхов, он также оставил наперстный крест (теперь это - деревня Грузино, где был построен храм Андрея Первозванного). Апостол Андрей стал известным после неустанного проповедования христианства в своем путешествии и принятия мученической смерти на кресте.
В 1698 году, Петром I был учережден первый в России орден - орден Св. Андрея Первозванного - для награждения за воинские подвиги и государственную службу. Орден состоял из золотого креста, голубой ленты, серебряной восьмиконечной звезды и золотой цепи. В центре звезды, в розетке покрытой красной эмалью и золотыми полосками в виде вияния, - двуглавый орел, увенчанный тремя коронами, на груди орла - косой синий крест.
Символика Андреевского флага также была данью памяти Петра I его отцу - царю Алексею Михаиловичу, который впервые учредил специальный флаг для первого военного Российского судна - трехмачтового галиота "Орел".
Став царем, Петр I уделял много внимания разработке проектов флага. В 1692 году он лично нарисовал два проекта. На одном из них имелись три параллельных полосы с надписью "белый", "синий", "красный", на втором были те же самые цвета с Андреевским крестом поверх них. В 1693 и 1695 годах второй проект был включен в некоторые международные атласы как флаг "Московии". С 1692 по 1712 Петр I нарисовал еще восемь проектов флага, которые последовательно были приняты во Флоте. Последняя (восьмая) и заключительная версия была так описана Петром I: "Флаг белый, поперек этого имеется синий Андреевский крест, коим Россию окрестил он ".
В такой форме Андреевский флаг просуществовал в Российском Флоте до ноября 1917 года.
17 января 1992 года, Российское Правительство приняло резолюцию относительно возвращения Андреевскому флагу статуса Военно-Морского флага России. В субботу, 15 февраля 1992 года Андреевский флаг был освящен в Санкт-Петербурге в Николо-Богоявленском соборе.