1. ЕГЭ превращает обучение в 11 классе в сплошной марафон. Даже если вы его не сдаёте...
Неважно какие предметы на ЕГЭ вы сдаёте и сдаёте ли вы его вообще, ЕГЭ - это годовой марафон, когда учителя, перестраховываясь, пытаются подготовить весь класс ко всем экзаменам, нагружая учеников ещё больше. С одной стороны здорово, что теперь даже "химбио" знает дату крещения Руси, но вот адекватно ли требовать повторить пройти весь школьный курс истории до 1905 года за один год?
2. ЕГЭ не соответствует школьной программе (а ФГОСам особенно!)
В любом предмете на ЕГЭ найдутся материалы, выходящие за школьную программу (кроме русского наверное): в математике это бОльшая часть заданий C, в обществознании это задания по Конституции РФ, в истории это искусствоведческие материалы и банально события, которые могут не встретиться в учебнике (даже если он одобрен и находиться в перечне). Про другие предметы знаю мало. Надеюсь, мне подскажут в комментариях.
3. Нельзя ничего доказать на апелляции.
Проверяющие могут занизить. Это правда. И если Вы или учитель заметите такую несправедливость и пойдёте в комиссию отстаивать свои права, то вероятнее всего произойдёт следующее: "Да, вы абсолютно правы, вам занизили здесь балл, но вот тут могли снять и 2, но не сняли. Давайте не будем апеллировать?"
Плюс тенденция идет к тому, что скоро все абитуриенты России будут подавать и проходить апелляцию через интернет. Это удобно? Нет. Проверяющие как роботы пишут шаблонные тексты и отвечают по 10 минут (когда у вас есть всего час).
4. Нет хороших официальных материалов для подготовки.
Есть учебники. Они, как мы уже поняли, полностью нас подготовить к ЕГЭ не смогут. Но вот есть же сборники где всё есть и всё по кодификатору! Да, здорово, но если вы когда-нибудь их открывали, то увидите сколько там банальных ошибок. В ВШЭ даже было такое задание для студентов - найти 50 ошибок в справочнике Баранова. Нашли.
А какие причины выделяете Вы?