Если объединить результаты с результатами предыдущих исследований, общее количество базальных пород возрастет до 16. Две из этих базальных пород имеют неглубокую историю. Американская эскимосская порода была специально создана путем скрещивания кишондов, волпинов и поморников, а после Второй мировой войны могли быть включены и японские косы. Название "американский эскимос" произошло от названия питомника, который изначально начал их выращивать, несмотря на то, что порода никогда не была связана с инуитами. В очень смешанном наследии породы свидетельствует ее позиция на филогенетическом дереве, которая зависит от выбора аналитического метода. Американский эскимос появляется рядом с базальным самодеятельным в деревьях, оцениваемых с помощью 10 окон SNP; однако он расположен рядом с поморянами на дереве, предполагаемом с помощью отдельных SNPs.
Eurasier также является недавно созданной породой, специально разработанной и зафиксированной в 1960-х годах путем смешивания Чау-чау с Кишондом и одной самодеятельной породой. Поскольку большинство пород, использовавшихся для создания Евразии, обладают базальными признаками, евразийцы также выглядят базальными, хотя являются единственной породой, чья монофилия слабо поддерживается (33% стоимости бутстрап).
Остальные 14 базальных пород [включая самодеятельные, которые не являются базальными на филогенетическом дереве, полученном по данным микро спутников, но являются базальными при использовании SNPs, в целом избегают примесей с другими породами. Это, вероятно, единственная причина, по которой они сохраняют генетическое наследие, выходящее за рамки эпохи современного селекции и создания клубов питомников во второй половине 19 века.
Несмотря на долгую историю человеческой селекции для конкретных пород собак, существует серьезное несоответствие между подлинно древними собаками и современными породами. Например, необоснованные претензии были выдвинуты в отношении древности современного ирландского волкодава. Собак типа волкодавов использовали для охоты на волков по всей Европе. В Ирландии волки были истреблены к 1786 г., после чего спрос на волкодавов резко упал, а к 1840 г. этот вид либо вымер, либо почти полностью исчез. Джордж Огастус Грэм возродил (или воссоздал) эту форму путем разведения одного возможного волкодава для шотландских псов, а затем включил Борзуа и Великих датчан для создания современной породы, которая сохранила эстетику первоначальной формы, но не генетическое происхождение.
История ирландского волкодава не редкость. Хотя мифы о происхождении кардиганов и пемброк велловелш Коргис утверждают, что их соответствующие привнесения в Англию отличались на 2000 лет, оба типа были разрешены к скрещиванию в течение столетий, прежде чем были разделены на две современные породы в 1920-х годах. Какова бы ни была их более глубокая история, эти породы формируют прочные родственные клады на филогенетических деревьях, означающие, что их наследие до смешивания невидимо даже при разрешающей способности десятков тысяч SNPs.
Многие географически распределенные популяции собак имеют одинаковые мутации, отвечающие за специфические фенотипы. Обе китайские и мексиканские породы обладают одним и тем же бесшерстным геном, африканские и таиландские породы к югу от Сахары имеют ребристую линию волос на спине, вызванную одной и той же генетической мутацией, и как минимум 19 разных пород имеют одинаковые мутации для более коротких конечностей. Эти мутации вряд ли возникнут несколько раз независимо друг от друга, что подразумевает значительную степень генетического потока между породами. Эти данные, в сочетании с известными демографическими колебаниями в различных породах, позволяют предположить, что на протяжении всей истории популяции собак в мире происходили многочисленные эпизоды диверсификации и гомогенизации. Каждый последующий раунд еще больше снижал значимость генетических данных, полученных от современных пород, для определения ранней истории домашнего одомашнивания собак.
Идентификация останков собак в археологических раскопках не всегда проста.
Во-первых, бывает трудно различить собак и волков, поскольку собаки все еще были морфологически похожи на волков на самых ранних стадиях одомашнивания. Кроме того, в отличие от современного разрозненного распределения, волки некогда были рассеяны по Северному полушарию. В результате археологи не могут установить дикий или домашний статус собак, основываясь исключительно на географическом положении, так как они могут касаться овец и коз, родные дикие ареалы которых были гораздо более ограниченными.
Во-вторых, идентификация собак может быть смущена наличием нескольких других вымирающих и вымерших видов канид аналогичных размеров, включая лис и манипулированных волков в Южной Америке, кукол в Европе и Азии, шакалов в Африке и Азии. В последнее время были предприняты усилия по выделению собак из этих канидных видов с использованием анализа форм, и с тех пор было отказано в многочисленных первых требованиях к домашним собакам, поскольку результаты анализа выявили противоречивые указания. Это часто случается, когда сохранившиеся образцы относительно редки или фрагментированы, что уменьшает присутствие специфических отличительных признаков, необходимых для различения тесно связанных между собой форм.
В-третьих, в археологических раскопках могут присутствовать различные факторы, препятствующие сохранению определенных таксонов позвоночных. К ним относятся томографические процессы особенно во влажных тропиках, а также общее малочисленность канидных остатков по сравнению с другими добываемыми и домашними животными, занесенными в ископаемые источники. Кроме того, отсутствие археологических раскопок во многих частях мира искажает наше понимание истории одомашнивания. Однако всеобщая склонность человека хоронить собак самостоятельно или в погребениях человека значительно усилила археологическую видимость собак.
Наконец, даже когда археологи могут с уверенностью отнести останки насчет знакомых Каниса, знакомства могут оказаться проблематичными. Самые ранние собаки в Северной Америке были зарегистрированы в пещере Ягуар в штате Айдахо с датой рождения 10,400 лет до н.э. Последующие прямые знакомства с костями показали, что две пещерные собаки Jaguar Cave - ∼3 500 и ∼1 000 лет.
Интересная закономерность возникает, когда непосредственно датированные и достоверно идентифицированные образцы собак нанесены на карту исторического распределения волков в Старом и Новом Свете. Во-первых, ∼12 000 y и старше представлены на многочисленных сайтах Европы, Леванта, Ирака, Северного Китая и Камчатского полуострова на Дальнем Востоке России. Собаки появляются в контекстах старше 8000 лет повсюду в мире в пределах максимального распределения волков, предполагая самостоятельное домашнее размещение местных популяций волков, миграцию людей, владеющих собаками, или вторичное приобретение собак группами, которые не участвовали в процессе одомашнивания.
Отчетливые признаки процесса одомашнивания собак заметны 15 000 лет назад, собак не было на всех пригодных для проживания континентах, пока они не достигли Южной Африки и юга Южной Америки.
