В конце августа 1859 года 16-тысячный русский корпус взял приступом дагестанский аул Гуниб, который защищало 400 мюридов при поддержке местных жителей и русских дезертиров. Во время боя Шамиль был взят в плен. Падением Гуниба ознаменовалось окончание полувековой Кавказской войны.
Первый сын Шамиля получил имя в честь духовного наставника и учителя шейха Джамалуддина Гази-Кумухского, имевшего огромное влияние на Шамиля. В 1836 году у стен аула Ахульго развернулась одна из самых кровопролитных битв Кавказской войны. Войска Российской империи под командованием генерала Граббе заблокировали аул на несколько месяцев. Видя, что в Ахульго гибнут женщины и дети, Граббе отправил к имаму парламентера и предложил ему сдаться вместе с сыном в обмен на сохранение жизни мирного населения. В конце концов, Шамиль был вынужден отдать русским своего маленького Джамалуддина в заложники.
При императорском дворе сыну Шамиля была оказана высокая честь быть представленным царю Николаю Первому, определившему его в первый Московский кадетский корпус, а позже в кадетский корпус в Царском Селе, где он получил прекрасное образование, в том числе и военное: артиллерия, фортификация, фехтование, верховая езда. Джамалуддину разрешили носить кавказский костюм, сохранять веру, считая, что религия – дело совести каждого человека. Со временем удачная военная карьера обернулась неприятной коллизией. Шамилем было предложено обменять Джамалуддина на княгинь Чавчавадзе и Орбелиани, фрейлин двора императрицы Александры Федоровны. Однако после обмена жизнь «нового горца» на родине не заладилась. В скором времени он умер от туберкулеза, хотя многие полагали, что он так и не смог быть полезным отцу, получив светское воспитание в России и оказавшись «чужим среди своих».
Другой сын имама Гази-Мухаммад, большую часть жизни находился рядом с отцом. Будучи ребенком, шестилетний горец был ранен в битве за Ахульго, мужественно перенеся все тяготы страшной осады.
Гази-Мухаммад отличался необычайной мудростью, тактом. Его почитали соседние с селом Карата наибства, где он был наместником Шамиля, и предложили ему взять управление на себя.
Гази-Мухаммад находился вместе со своим отцом до последнего дня в Гунибе, а позже в Калуге. Он не пожелал поступить на царскую службу, «не имея желания учить русский язык».
Особо не доверяя ему, царское правительство не разрешило сыну вместе с отцом отправиться в Мекку. Не простив этого, Гази-Мухаммад, посетив могилу Шамиля в Медине, после длительных хлопот отправился в Турцию. Там он служил в чине генерала дивизии и командовал крупными войсковыми подразделениями в русско-турецкой войне 1887 года.
Мухаммад-Шефи встретил начало войны на Кавказе в звании полковника. До того он, исполняя специальное военное поручение штаба, в течение нескольких лет посетил Англию, Францию, Германию и другие европейские страны. Узнав, что старший брат поднял оружие против России, он написал письмо Александру II с просьбой отправить его на фронт. Император, не желая встречи братьев, отказал и отправил офицера в Казань. Сыновья Шамиля не смогли скрестить оружие на поле боя, но устроили собственную войну по переписке. Старший писал, что все кавказцы, служащие императору, «пропахли русским духом», а младший утверждал, что принял присягу на верность России, с которой Кавказу стало лучше жить.
Войну Турция проиграла, и Гази отправили на почетную маршальскую пенсию, а Шефи дослужился до звания генерал-майора, переписка между ними не прекращалась. Через несколько лет братья помирились. Однако до самой смерти они больше не встречались. Гази умер в 1902 году и был похоронен в Медине рядом с отцом. Шефи скончался в 1906 году в Кисловодске.
Сведений о последнем сыне Шамиля сохранилось немного. Известный дагестанский уче-ный, историк Хаджи Мурад Доного так пишет о жизни Мухаммад-Камиля: «Судьба распорядилась так, что сын имама ни разу не побывал в Дагестане. Мальчику было всего шесть лет, когда семья Шамиля отправилась в Аравию. А уже после смерти имама, Гази-Мухаммад взял его на свое попечение, тем более что мать мальчика Заидат вскоре скончалась. Оставшиеся члены семьи переехали в Турцию и жили в Стамбуле. Известно только, что Мухаммад-Камиль поступил на военную службу, был на хорошем счету, являлся кавалером ряда турецких орденов и вышел в отставку в чине генерала турецкой армии. Похоронен он рядом со своей женой и детьми на кладбище «Караджа Ахмед» в Стамбуле. Трое его детей так и не дали потомства, и поэтому следует считать, что ветвь младшего сына имама из родословного древа Шамиля прерывается».