Родился в 1836-м году в Смоленской губернии - самый северо-западный угол России. Отец был из низших чинов священнослужительства, и сына также отправил постигать азы богомоления в Смоленскую духовную семинарию. Продолжил обучение молодой Николай уже в Питерской духовной академии. Учился всегда на отлично. В 1860-м году, вызвался на должность настоятеля христианской церкви в Японии при русском консульстве. Вооружившись монашеским чином и кибиткой с лошадьми, он в этом же году отправился покорять маленький азиатский островок. Путь занял один год: сначала экипажем через всю Сибирь, затем на корабле. В 1861-м Николай ступил на сушу в городе Хакодатэ. Сразу, после заступления на службу, начал интенсивно учить японский язык и культуру. Первым японцем, которого Николай обратил в православие, стал Такума Сабавэ - бывший самурай, пришедший убить его из-за своих синтоистских взглядов, и который принял православие в числе 2-х других японцев, несмотря на то, что это было запрещено японскими законам