Провал крестоносных авантюр на Ближнем Востоке был чреват для духовных орденов, благословляемых папой римским, не только уменьшением влияния и доходов, но падением военной мощи. К началу 13-го века под ударами воинов ислама тевтонский орден вынужден был перебраться в Венгрию, чтобы бороться с половцами. Не сложилось с венграми — тевтонцы отправились искать счастья в Прибалтику. Но к середине 16 века некогда могущественный Тевтонский орден утратил все свои завоевания в отбитых у пруссов областях. Разгром на поле Грюнвальда в 1410 году подорвал престиж братьев-рыцарей на международной арене. В 1525 году тевтонцы фактически потеряли и Пруссию. Здесь нарастало влияние протестантизма и северо-германские князья не хотели подчиняться папе римскому, поддерживая учение Лютера.
После 1525 года тевтонцы выбрали своей резиденцией Мергентейм во Франконии. Магистр Ордена стал выполнять одновременно и обязанности гроссмейстера, содержал штат придворных, фактически превратился в немецкого князя. Прежняя Ливония, где некогда властвовали тевтонцы, все больше подчинялась лютеранам. Остатки Тевтонского ордена пытались противостоять с одной стороны давлению православных, с другой лютеран. Дело дошло до полного упразднения духовно-рыцарского государства в 1561 году, когда ливонский магистр Готхард Кеттлер отказался от католицизма и принял протестантизм. Он получил права наследственного герцога Курляндии и Семигалии.
Тевтонский орден в конце 16 века представлял собой жалкое зрелище. Всего в нем насчитывалось не более 170 рыцарей. Ветхий орден стал прибежищем немецких аристократов, возглавлять им доверяли представителей Габсбургов. Так, с 1595 года орденом руководил Максимилиан Габсбургский. Несмотря на глубокий упадок, Орден все равно рвался в бой. Он предлагал свою помощь в борьбе против турок венграм и австрийцам. На театре боевых действий с турками рыцари представляли императорский двор, но нисколько не сам Орден.
С начала 17 века прослужившие в Тевтонском ордене рыцари отправлялись служить на командных постах в армии австрийского императора. Интересно, что с с 1648 года путь в орден был открыт и протестантам. Было декларировано: на равных правах принимались родовитые лютеране и кальвинисты. Так старинный Орден стал служить сразу трем конфессиям христиан. Противостояние Европы и Османской империи вынуждало рыцарей духовного ордена искать союзников. Они пытались соединиться с отрядами Мальты и Венеции, в 1662 году тевтонцы планировали создать флот военных судов для противодействия переправам турок через Дунай.
В 1664 году гроссмейстер ордена Иоганн Каспар фон Ампринген возглавил отряд рыцарей для ведения боевых действий с османами в Венгрии, но в 1668 его вторжение на остров Крит закончилось сокрушительным разгромом и большими потерями. Отдельные представители духовного ордена числились в составе гарнизонов австрийских крепостей на османской границе. С 1696 года гроссмейстер содержал на доходы командорств целый пехотный полк, который состоял на службе в австрийской армии.
К 18 веку участие духовного ордена в каких бы то ни было боевых действиях совсем прекратилось. Рыцарей стало совсем мало, меньше сотни. И все они предпочитали более заниматься подсчитыванием доходов, наукой или мистическими обрядами, чем рисковать жизнью в сомнительных авантюрах. От былой романтики крестовых походов не осталось и следа. С началом войны с наполеоновской Францией в 1809 году резиденцию духовного ордена перенесли в Вену. Финансово членов рыцарского братства подпитывали доходы с земель, которые числились за тевтонцами по всей Европе.
В Испании каждый духовный орден играл свою весомую роль в эпоху борьбы с маврами. Но в 17 веке участие рыцарей в войнах становится крайне редким. Известно, что в 1625 году три испанских ордена насчитывали всего 1452 брата, из которых 949 — почти две трети — числились в ордене Сантьяго. В 1637 и в 1645 годах король Испании и Португалии Филипп IV, намереваясь начать войну с Францией, неоднократно приказывал братьям-рыцарям выполнять предписанные им военные обязанности перед Испанией, но дворянстве хитрили, избегали участия в в битвах под самыми фантастическими предлогами.
В 1640 году для формирования батальона было собрано 1543 рыцаря из военно-монашеских орденов, включая орден Монтесы, но только 169 (11 процентов) из них оказались пригодными для защиты родной земли — остальные братья были либо слишком молоды, либо слишком стары, либо слишком больны, либо просто не хотели принимать участие в военных действиях.
От короля откупались звонкой монетой. Набирали под знамена орденов всякий сброд, только бы отделаться от назойливых властей. Например, 1775 году три полка, содержавшихся Алькантарой, Сантьяго и Монтесой, выслали на осаду Алжира всего 479 солдат. Некогда грозные испанские ордена совершенно выродились. А вот португальские ордена прекратили свое существование уже после наполеоновских войн — в в 1820—1834 годах.
Мальтийский орден дольше всех играл существенную военную роль. Его крепость на острове в Средиземном море последовательно усиливалась вплоть до конца 18 века. Госпитальеры имели свое прочное островное государство, что и гарантировало долгое и стабильное процветание. Мальтийские рыцари регулярно получали пожертвования от своих покровителей из Европы. В 1413 году они пригрозили покинуть Родосскую цитадель, если им не дадут денег короли Франции, Испании, германские князья. Но после Великой Французской революции сложившийся порядок был подорван конфискацией многих земель мальтийцев в Европе.
А в 1798 году у стен цитадели мальты появился французский флот. 12 июня 1798 года Мальта без боя сдалась Наполеону. Большую часть местных рыцарей составляли французы-роялисты, которые могли дать отпор республиканцам. Но испанцы сложили оружие. В декабре мальтийских рыцарей приютил император России Павел Первый. Он и стал гроссмейстером Мальтийского ордена, даровав рыцарям землю в своей стране. Царь Александр I не был столь благодушен и милостив, как его отец. Он отрекся от звания великого магистра, а затем и совсем попросил рыцарей ордена покинуть российские пределы. Вконец обнищавший Мальтийский орден к 1834 году приютился в Риме, став одним из столпов папского престола.