Когда началась Великая Отечественная война, Федор Охлопков был призван в ряды Красной армии, начал службу в рядах 375-й стрелковой дивизии, сформированной преимущественно из сибиряков на территории Свердловской области. Дивизия прибыла на Калининский фронт в декабре 1941 года, в разгар контрнаступления советской армии. Охлопкова определили на должность первого номера ручного пулемета. Вторым номером у него стал его брат Василий. Братья вместе с другими бойцами почти непрерывно находились на передовой. Сослуживцы отмечали личную храбрость Федора и его особое умение уничтожать врага.
Вскоре Охлопков пережил личную трагедию: погиб брат Василий. 1 января 1942 года подразделение прорвало оборону противника и продвинулось на своем участке вперед сразу на километр. Смертельно раненного во время наступления брата Федор нашел в воронке, оставленной снарядом. Отчаянно желая отомстить за Василия, Федор в этом бою уничтожил 27 гитлеровцев, после чего начал вести подсчет убитых фашистов.
Летом 1942-го Охлопкова назначают командиром отряда автоматчиков. Со своим отрядом в составе 375-й стрелковой дивизии он участвует в боях под Великими Луками и Ржевом, где дивизия потеряла до 80% личного состава. Сам Федор был тяжело ранен — уже в четвертый раз за время боевых действий.
Слава лучшего снайпера армии пришла к нему в декабре 1942 года — вместе со вторым орденом Красной Звезды. Охлопков был мастером меткого огня, одинаково успешно действовавшим как в обороне, так и в наступлении. Он отменно стрелял из трехлинейной винтовки, пулемета и автомата, а также противотанкового ружья, полкового миномета и 45-миллиметрового орудия. Он умел обезвреживать мины, ходил в разведку и доставлял языков. Кроме того, Охлопков много раз участвовал в "дуэлях" с вражескими снайперами.
По официальным данным, к июню 1944 года сержант Охлопков уничтожил из снайперской винтовки 420 гитлеровских солдат и офицеров. При этом не учитывались враги, пораженные из автомата и пулемета во время многочисленных атак и оборонительных боев.
23 июня Федор получил 12-е ранение — навылет в грудь. Потребовался долгий период лечения, из госпиталя он вышел только весной 1945 года, в результате война для снайпера Охлопкова была закончена. Всего на его снайперском счету было записано 429 уничтоженных врагов. Всего же число уничтоженных Федором Охлопковым гитлеровцев может составлять до полутора тысяч.
Охлопков участвовал в историческом Параде Победы на Красной площади 24 июня 1945 года. Затем вернулся в родную Якутию. Земляки недоумевали, как он при таких заслугах не получил звание Героя Советского Союза. Звание присвоили лишь 20 лет спустя — 6 мая 1965 года.
Федор Охлопков умер 28 мая 1968 года. Ему было 60 лет. Похоронен на кладбище родного села.