МЦД стал вторым крупным транспортным проектом администрации Сергея Собянина, связывающим метро и наземные электропоезда, после запуска в 2016 году Московского центрального кольца. И если МЦК сразу же заработало нормально, то при запуске МЦД абсолютно все пошло не так: поезда оказались слишком короткими, валидаторы — неработающими, а расписание просто не соблюдалось. В первые два дня работы, 21 и 22 ноября, в соцсетях появились сотни недовольных комментариев пассажиров, которые выкладывали фотографии толп людей на станциях, ожидающих поезда.
На выходных пассажиропоток упал, за это время составы начали удлинять — это решило вопрос давки в часы пик. Проблему неработающих валидаторов решили радикальным образом, сделав проезд по МЦД полностью бесплатным до 8 декабря. Тем не менее проблема поломок и сопутствующих им срывов графика движения поездов никуда не делась: 27 ноября на МЦД-2 в утренний час пик поезда ходили реже из-за выхода из строя токоприемника, а утром 29 ноября из-за проверки составов были увеличены интервалы как на МЦД-1, так и на МЦД-2.
