Гевхерхан-султан родилась в 1642-ом году, в Стамбуле, в семье султана Ибрагима I и его законной супруги Хатидже Турхан-султан. С ранних лет девочка видела междоусобную между матерью и бабушкой, Кёсем-султан. Девочка оказалась пешкой в этой войне и чтобы укрепить своё положение и связи, Турхан-султан выдала Гевхерхан замуж в 4 года за Мусахиб Джафара-пашу, который был старше невесты на 56 лет.
Девочка была ещё очень юна, поэтому первая брачная ночь не состоялась. Через год паша умер, но Гевхерхан не считалась вдовой, так как на тот момент ей было всего 5 лет и всё ещё оставалась невинной. В 1646-ом году отец Гевхерхан был убит, а на престол взошёл её малолетний брат Мехмед.
Война между Кёсем-султан и Турхан-султан стала открытой, Гевхерхан была на стороне матери, однако бабушка постоянно пыталась взять её на свою сторону, пока в ночь с 1 на 2 сентября Кёсем задушили сторонники Турхан, мать Гевхерхан стала валиде-султан и параллельно с этим регентшей Османской Империи.
В 1660-ом году Гевхерхан-султан вышла замуж во второй раз, на этот раз её супругом стал визирь Мехмед-паша, которому к тому моменту было 38 лет. Своего супруга она полюбила и всюду следовала за ним, они часто переезжали из города в город и в один из переездов она подцепила болезнь.
Долгое время Гевхерхан занималась благотворительностью, а в июне 1681-ого года её муж, Мехмед-паша скончался в Русском городе Азов. По просьбе Гевхерхан его похоронили в Стамбуле. В 1692-ом году она снова вышла замуж в третий раз, за Юсуф-пашу. В 1694-ом году состояние Гевхерхан-султан стало ухудшаться и Ахмед I приказал, чтобы она ехала на лечение в Эдирну, так как там был более благоприятный климат.
Там Гевхерхан-султан и скончалась, 27-ого октября 1694-ого года, прожив 52 года.