Федор Годунов постарался обезопасить южные рубежи государства постройкой линии обороны за рекой Окой. Здесь в его царствование возникли крепости Белгород, Царев-Борисов, Елец. В форпосты направляли казаков и стрельцов. Гарнизоны крепостей содержались на государственном довольствии. Однако система снабжения нарушилась в годы великой Смуты. Крепости обветшали, защищать их стало некому.
В царствование первого царя из династии Романовых Михаила Федоровича Русское государство вновь стало страдать от набегов крымских татар. Рейды на беззащитные селения на юге. Только в первой половине 17 столетия, как подсчитали российские историки, крымчаки захватили в плен и вывели в кафу и в Судак до 200 тысяч пленников. Это был ощутимый удар по населению (в царстве Романовых тогда проживало только 7 миллионов человек). Татары сжигали села и небольшие города, превращая цветущие места в пустыни.
В начале 17 века много сил Русской державы отняло противостояние с польскими и литовскими войсками. Пока русские полки сражались за Смоленск, ногаи и татары грабили области на юге. Только в июне 1632 года хан Джанибек разорил южные пограничные районы, угнав в Крым до трех тысяч пленников. Через год, пользуясь занятостью русской армии у стен Смоленска, татары вновь повторили нашествие. Тридцатитысячная орда прошла огнем и мечом вплоть до подмосковных сел, разорила окрестности Серпухова, Каширы, Калуги, Коломны, Рязани. На этот раз потери гражданского населения стали еще более значительными. В Крым угнали уже свыше 6 тысяч невольников.
Царское правительство вынуждено было ассигновать с 1635 года большие финансовые средства на возведение новой линии обороны, которая началась от окрестностей современного города Харьков и шла далее к Белгороду, Воронежу, Козлову, Тамбову, Саранску, завершаясь у стен Симбирска. Сооружение крепостей потребовало немало рабочих рук и большого напряжения войск, но через 20 лет экономика региона стала крепнуть. Разорение татарами прекратилось. Стало увеличиваться население. К 1670 году в районах перечисленных крепостей проживало уже почти миллион хлебопашцев.
При Алексее Михайловиче оборонительная линия управлялась с помощью системы округов. Во главе каждого ставился воевода, который командовал полком, состоявшим из кавалерии и пехоты. Коннице придавалось важное значение, поскольку рейтары и драгуны могли быстро выехать в поле для отражения татарской орды. Такие полки могли насчитывать до 20 тысяч бойцов при сильной артиллерии, которая присылалась из центра страны.
На местах в малых фортециях выставлялись караулы, которыми командовали казачьи атаманы, стрелецкие головы. Дежурство велось круглые сутки. Дисциплина поддерживалась самая суровая, за малейшую оплошность полагалось наказание. Запрещалось питие вина и курение зелья. Если у кого запретные вещи находили, то отнимали, наказывали штрафами, деньги перечисляли в крепостную воеводскую казну. Вводилась круговая порука. За одно ослушника отвечали его товарищи по службе. Тех, кого воевода принимал на службу, обязали подписывать грамоту, в которой тот обязался не водить дружбу с лихими людьми, не воровать и блюсти закон. Также строго избегали в гарнизонах всяческого ведовства, не допускались знахарки и ведуньи, промышлявшие разными чудодейственными травами.
Постройка линии обороны на южных рубежах
После тринадцатилетней войны с Польшей и Литвой и заключения Андрусовского перемирия за белгородской линией обороны стали возводить Изюмскую засечную черту. Ее первые укрепления шли от Полтавы, в верховьях речки Коломак, затем тянулись по южному берегу реки Мжи к востоку, по среднему течению Северского Донца, рекам Осколу и Валую. Линия соединялась с Белгородской чертой у крепости Усерд. Самым южным опорным пунктом России на Слободской Украине был городок Тор. До этого пункта провожали русских послов, направлявшихся в Крымское ханство, царские охранники.
Новая граница с Крымом вплотную приблизилась к середине 17 века к северо-востоку Запорожья, где не было никаких поселений, только голая и дикая степь. Его южные пределы в универсале Богдана Хмельницкого от 1655 года определялись так: вниз Днепра «до самых степей ногайских и крымских», далее к реке Бугу и по Бугу до реки Синюхи; к востоку от Днепра по реке Самаре и далее через степь до Дона.
Граница с Крымским ханством более точно определилась в ходе межевания 1705 года. Запись, составленная 22 октября Емельяном Игнатьевичем Украинцевым, точно описывала её линию от низовий Южого Буга до впадения в Днепр речки Каменки. На Восток от Днепра граница по-прежнему шла по реке Конские воды и упиралась в устье Миуса.
Эти территории были утрачены Россией после катастрофы Прутского похода царя Петра Первого. Заключённый на Пруте мир 1711 года и Адрианопольский мир с Османской империей 1713 года лишили Россию почти всего Запорожья на правом и левом берегах Днепра, южного Левобережья Днепра, Азова и Таганрога. На этом Турция останавливаться не собиралась, а потому с 1731 по 1733 год Россия строила новую оборонительную черту, южнее Изюмской – Украинскую, протяженностью около 300 км. Она шла от устья Орели по течению реки до её притока Берестовой, потом по притоку Северского Донца р. Береке до её устья.
После успешной русско-турецкой войны 1735–1739 годов по Белградскому миру Россия практически возвратила себе города Азов, Запорожье, Таганрог. Однако укреплять эти места русские не имели права. Безопасность южных рубежей была окончательно обеспечена только к концу 18 века, когда в ходе вереницы тяжелых войн с турками русские добились от османов заключения Ясского мира. В русско-турецких войнах была решена и проблема Крымского ханства, которое прекратило свое существование как разбойничье государство-хищник.