Многочисленные факторы, преобладающие в различных временных и пространственных масштабах, играют важную роль в структурировании сообществ бентических диатомовых сообществ в лотических системах.
Причем местные экологические условия играют более важную роль по сравнению с широкомасштабными климатическими, растительными и географическими факторами.
Каждый конкретный вид требует различных структурных, физических и химических характеристик, присущих его среде обитания. Всякий раз, когда эти характеристики подвергаются изменениям, изменяется нишевый состав.
Виды отличаются по своей чувствительности, и те виды, которые более устойчивы к изменениям окружающей среды, вызванным либо природными колебаниями, либо рукой человека, могут быть выбраны в пользу селекции.
Изменения в любом из этих факторов не обязательно должны приводить к гибели некоторых видов водорослей, если эти изменения не выходят за пределы допустимых для данного вида.
Напротив, эти изменения будут препятствовать размножению некоторых первоначально присутствовавших видов и стимулировать размножение других, что, в первую очередь, приведет к изменению ассоциации, то есть процентного состава, а не флоры как таковой.
Совокупности диатомов в лотических экосистемах представляют собой прямую, целостную и комплексную меру целостности этих систем. Два основных подхода к использованию диатомов для оценки экологической целостности локомотивных систем, как правило, используются во всем мире.
Первый подход предполагает отбор проб непосредственно из природного субстрата, фаворитом из которых является эпилитон, а второй - отбор проб искусственного субстрата, помещенного в воду, а фаворитом - стекло.
Прямой отбор проб природного субстрата априори не имеет рекомендаций, только преимущества. Однако прямая выборка имеет следующие недостатки:
1) в заиленных низменных реках камни часто и густо покрыты илом, который изменяет или уничтожает эплитную флору
2) не всегда легко отбирать пробы бетона и плохих пород
3) в проточной верхней части рек отбор проб может быть затруднен и часто флора истощается
4) затенение окружающей растительности снижает видовое богатство и биомассу.
Разнообразие и продуктивность диатомов меняется в зависимости от типа породы, от характера физических и химических свойств породы.
Ожидается, что крупные камни будут иметь стабильные сообщества, в то время как мелкие могут перемещаться в периоды сильного течения, что приведет к снижению разнообразия и богатства флоры.
Поэтому при сборе выборки и последующей интерпретации данных необходимо тщательно учитывать эти факторы, поскольку их игнорирование может привести к искаженным результатам.
Беды, связанные с прямым отбором проб при оценке биотической целостности лотических систем, могут быть решены путем использования искусственного субстрата, традиционно предпочтительным является использование стеклянных слайдов и в некоторых случаях, кирпича.
Преимуществом искусственного субстрата считается то, что его можно наблюдать непосредственно за флорой, субстрат является стандартным во всех точках отбора проб и время экспозиции можно контролировать. Однако недостатки являются подавляющими.
Необходимо экспериментировать для получения оптимального времени экспозиции и часто 4 или даже 8 недель, чтобы предотвратить быструю оценку качества воды, например, в течение нескольких часов после взятия пробы непосредственно в эпилитоне.
Флора представляет собой искусственную сборку, отбираемую гладким горком и, возможно, из-за различий в расположении горок по отношению к поверхности.
Отбор проб часто осуществляется случайным образом.
Гладкость воды определяется по результатам отбора образцов по сравнению с течениями.
Исследования перифического сообщества в этой области проводятся редко. Таким образом, наше понимание роли экологических факторов в формировании этих сообществ и их последующего влияния на качество воды на основе диатома находится еще в зачаточном состоянии.