В 1825 году, в период междуцарствия в России, была совершена попытка государственного переворота группой дворян, которые не желали восшествия на престол законного наследника. К ночи восставшие войска оказались разгромлены. Были арестованы 371 солдат Московского полка, 277 – Гренадерского и 62 матроса Морского экипажа. По личной просьбе Николая I граф Е.Ф.Комаровский организовал охрану и конвоирование бунтовщиков в Петропавловскую крепость. В 1826 году Е.Ф.Комаровский принял участие в заседании по делу декабристов в Верховном уголовном суде.
В декабре 1828 года граф Е.Ф.Комаровский в связи с частыми болезнями и преклонным возрастом передал командование Отдельным корпусом внутренней стражи России достойному приемнику – герою Отечественной войны 1812 года генералу от артиллерии П.М.Капцевичу.
В знак признательности за безупречную службу на протяжении более 40 лет, император Николай I личным приказом назначает графа Комаровского «состоять сенатором» и зачисляет в действующий резерв военного ведомства «по инфантерии тяжёлой».
Однако постепенно генерал Комаровский перестает интересоваться государственными делами и «до излечения болезни» вместе с семьей поселяется в имении в селе Городище Орловской губернии, где на собственные средства строит церкви, школы и больницы для местных крестьян.
13 октября 1843 года первый командующий внутренней стражи граф Е.Ф.Комаровский в возрасте 74 лет умер от тяжелой болезни. Смерть графа повергла многих в глубокую скорбь. Как позже писал внук Комаровского, крестьяне из окрестных деревень «по собственному почину явились за 35 верст в город и на руках отнесли его тело в Городище, где он похоронен в построенной им кладбищенской церкви».
