В 1824 году солдаты и офицеры Отдельного корпуса внутренней стражи под командованием Е.Ф.Комаровского приняли участие в широкомасштабной операции по устранению последствий самого разрушительного наводнения за всю историю Санкт-Петербурга.
7 ноября, в центральной части города с раннего утра зажглись сигнальные фонари, предупреждавшие об угрозе наводнения, однако защититься от стихийного бедствия горожане не успели. Ворвавшийся в город поток сносил невысокие деревянные дома, срывал мосты и уносил с собой тех, кто в первые минуты тревоги подошел к берегам Невы посмотреть на буйство стихии. Как описывал один из очевидцев: «Зимний дворец стоял, как скала, среди бурного моря, выдерживая со всех сторон натиск волн, с ревом разбивавшихся о крепкие его стены и орошавших их брызгами почти до верхнего этаж».
В скором времени Александр I пригласил командующего Отдельным корпусом внутренней стражи Е.Ф.Комаровского на экстренное совещание, во время которого сообщил присутствующим: «Я призвал вас, господа, чтобы вы подали самую деятельную и скорую помощь несчастным, пострадавшим от ужасного вчерашнего происшествия». Для устранения последствий стихийного бедствия Евграф Комаровский был направлен в самый незащищенный участок города, где по свидетельству очевидцев «большая часть домов была повреждена, иные смыты до основания, все заборы ниспровергнуты и улицы загромождены лесом, дровами и, даже, хижинами».
В первую очередь Е.Ф.Комаровский поручил солдатам и добровольцам разобрать завалы, организовать медицинский пункт и открыть кухню. Затем, для обеспечения правопорядка по всей вверенной ему территории были расставлены караульные патрули, а в казармах внутреннего гарнизонного батальона Санкт-Петербурга оборудована пошивочная мастерская, для снабжения теплой одеждой нуждающихся.
Благодаря Е.Ф.Комаровскому на территории Петербургской стороны и соседних островах удалось избежать массовых эпидемий, в экстренной ситуации обеспечить жителей районов едой, одеждой и медицинской помощью. Под личным надзором графа Комаровского в скорейшем времени были начаты основные работы по восстановлению жилых домов и особо важных мостов.
В награду «за скорые и деятельные меры в... подании первоначальной помощи жителям» и ликвидации последствий наводнения император передал графу осыпанную бриллиантами золотую табакерку.
