Зоологический музей Зоологического института Российской Академии Наук основан в 1832 году на базе зоологических коллекций Натурального кабинета Кунсткамеры.
История коллекций Зоологического музея восходит к истории первого отечественного музея — Кунсткамеры, основанного в 1714 году. Из Москвы были перевезены естественно-исторические коллекции, приобретенные Петром I, во время его путешествия в Голландию в 1698 году, хранившиеся при Аптекарском приказе.
Эти коллекции содержали большое количество материалов по зоологии. Некоторые из них сохранились в Зоологическом музее и институте до настоящего времени. Помимо покупок, Петр I уделял большое внимание собиранию коллекций в Российской Империи. Им был издан ряд указов, обязывавших местные власти доставлять в столицу различные произведения природы своего края.
В середине XIX века собрание Зоологического музея не уступало лучшим коллекциям зарубежных музеев, а в отношении фауны Палеарктики значительно превосходило их. Во время Великой Отечественной войны экспозиция музея оставалась на своем месте, и, в целом, серьезно не пострадала, хотя здание несколько раз подвергалось обстрелам, в нем не было света и отопления.
В середине XIX века собрание Зоологического музея не уступало лучшим коллекциям зарубежных музеев, а в отношении фауны Палеарктики значительно превосходило их.
Зоологический музей, представлявший собой в этот период не только хранилище коллекций животных, но и научно-исследовательское учреждение, в 1931 году, в ходе реформы Академии наук, был переименован в Зоологический институт. С этого времени Музеем стали называть только выставочную коллекцию института, не утратившую и поныне связь с богатейшей фондовой коллекцией.
Музей и после 1930 года продолжает быть тесно связанным с Зоологическим институтом, пополняя свою экспозицию материалами экспедиций сотрудников института.
Во время Великой Отечественной войны экспозиция музея оставалась на своем месте, и, в целом, серьезно не пострадала, хотя в нем не было света и отопления. В дальнейшем экспозиция пополнялась интересными материалами и многочисленными новыми биогруппами и диорамами.