Лайл Лайл Лис, член семьи Pteropodidae, обитает в колониях 100-1000 особей в Камбодже, Таиланде, Вьетнаме и в небольшом районе дезджунта на юге Китая. Pteropus lylei является резервуаром вируса Nipah, нового штамма вируса семьи Paramyxoviridae в Таиланде. Инфекция этим новым патогеном вызывает болезни у животных и людей. При первом появлении NiV в Малайзии этой вспышке предшествовали респираторные заболевания и энцефалит у свиней, и сообщалось об этом среди работников скотобойни в Сингапуре, работавших со свиньями из районов вспышки в Малайзии. В Таиланде присутствие NiV было обнаружено круглогодично в колониях П. Лайлей, хотя никаких доказательств его наличия у людей или домашних животных не было. Большинство дневных колоний петушков в Таиланде были обнаружены недалеко от храмов вблизи людей и фруктовых садов. Вспышки NiV, носителем которых является П. Лайлей, могут причинить вред людям.
Взятие проб
Отбор проб проводился в соответствии с протоколами, утвержденными и разрешенными Департаментом национальных парков, охраны дикой природы и растений Таиланда, и Протоколом использования животных № 1473001, утвержденным Комитетом по охране и использованию животных Чулалонгконского университета, Бангкок, Таиланд. В ходе этого исследования 52 образца крови были взяты у 52 человек из 10 колоний в центральном Таиланде. Были посещены места размещения петухов П. Лылея, и было отобрано ограниченное количество проб на каждую площадку. Все летучие мыши из 10 колоний были собраны по одному протоколу. Возраст летучих мышей был одинаковым. Сразу после отлова животные измеряли предплечье, заднюю стопу, ухо, голову и тело на месте и идентифицировали.
Распределение образцов крови на фильтровальной бумаге полезно для подготовки проб и позволяет хранить их при комнатной температуре в полевых условиях в течение нескольких дней и еще дольше при более низких температурах. Этот метод сбора также позволяет хранить ДНК в течение длительного времени без ущерба для качества ДНК.
Молекулярные методы
Все амплификации полимеразной цепной реакции были выполнены по следующему термическому профилю: 98 °C в течение 1 минуты, затем 30 циклов денатурации при 98 °C в течение 10 секунд, отжиг при 50 °C в течение 30 секунд и продление при 72 °C в течение 45 секунд с окончательным продлением 72 °C в течение 10 минут. Количество и качество ДНК определяли с помощью агарозного гелевого электрофореза при 100 В в течение 30 мин. Продукты ПЦР очищались путем объединения 2 мкл экзонуклеаз:фосфатазы с 20 мкл препаратом ПЦР, после чего комбинированный продукт выдерживался в течение 35 мин при 37 °C и 15 мин при 85 °C с помощью генетического анализатора.
Статистический анализ генетического разнообразия и взаимосвязи между ними
Статистические данные по нуклеотидам были рассчитаны с использованием ДНКСП и включали количество гаплотипов, разнообразие гаплотипов, среднее количество нуклеотидных различий и разнообразие нуклеотидов. Дисперсия численности населения измерялась с использованием статистических данных сайта φST, реализованного в Арлекине. Вкратце, статистика φST дает представление об общей генетической изменчивости популяции. Значения от 0 до 0,05 указывают на низкую генетическую дифференциацию, в то время как значения выше 0,25 считаются сильной генетической дифференциацией. Промежуточные значения φST указывают на умеренные уровни генетической изменчивости в исследуемой популяции.
Результаты и обсуждение
В 1113 bp амплифицированной последовательности генов цитбы выявлено 43 полиморфных участка, в том числе 38 предполагаемых переходов и 5 трансверсий. Среди 52 особей P. Lylei, собранных в 10 колониях в центральном Таиланде, было выявлено 25 уникальных гаплотипов. Из 25 гаплотипов 15 были одиночными или представлены одним человеком, а 10 были общими гаплотипами, обнаруженными в 2-8 особях и также общими для колоний. Гаплотип 1 был наиболее распространенным гаплотипом среди восьми особей колоний AY1, AY3, SB1 и PBR2. Еще два часто встречающихся гаплотипа были обнаружены у пяти особей. Гаплотип 19 был обнаружен в колониях AT1, SB1, PBR1 и CHS2. Гаплотип 22 был обнаружен в колониях AY2, SB1, PBR1 и PBR2. Минимальный охват сети из 25 гаплотипов цитбы предполагает генетическую непрерывность. Гаплотипы 17, 19 и 22 также находились в центральной позиции в сети.
Значения Hd колоний были высокими и варьировались от 0,833 до 1 000, за исключением колонии AY3. Среднее значение показателя π среди всех колоний составляло 0,006 и колебалось от 0,000 до 0,009. Характер вариации между регионами соответствовал уровню гаплотипического разнообразия, наибольшее разнообразие наблюдалось в колониях CH1 и CH2 и наименьшее в колонии AY3.
Общая парная статистика φST составила 0,006 и варьировалась от 0,002 до 0,009 среди колоний. В качестве наиболее подходящей модели для данных была выбрана трехпараметрическая модель эволюции Тамура, которая была реализована в программном обеспечении Arlequin. AMOVA показала, что 0,05% от общей генетической вариации произошли среди 10 популяций.