На Юге период реорганизации представлял собой перестройку, сопровождавшуюся беспорядками. Белые южане хотели удержать афроамериканцев в состоянии рабства, расширяя лишь немногие их права и решительно отвергая социальное равенство. А афроамериканцы, напротив, хотели полной свободы и, прежде всего, своей собственной земли. Неизбежно происходили частые столкновения. Некоторые из них перерастали в беспорядки на расовой почве, однако более распространенными были террористические акты против отдельных лидеров афроамериканцев.
Во время всей этой суматохи южные белые и чернокожие начали искать способы вернуть свои фермы в эксплуатацию и зарабатывать на жизнь. Действительно, наиболее важными событиями эпохи реорганизации стали не получившие широкую огласку политические столкновения, а медленные, почти незаметные изменения, произошедшие в южном обществе. С тех пор афроамериканцы могли на законных основаниях вступать в брак и создавать традиционные и обычно стабильные семьи; они смогли тихо отделиться от белых церквей и создать свои собственные религиозные организации, которые стали центрами афроамериканской общины. Не имея ни земли, ни денег, большинство вольноотпущенных вынуждены были продолжать работать на белых хозяев.
Совместное использование земли постепенно стало повсевместной практикой в большинстве южных штатов, испытывающих нехватку капитала. Они отдавали предпочтение этой системе, поскольку она не требовала от них выплаты заработной платы наличными. Афроамериканцы предпочитали эту систему, поскольку они могли жить в отдельных комнатах в арендуемых ими районах. К тому же, они обладали определенной независимостью в выборе посадок и способов их выращивания. Однако, на протяжении всей эпохи реконструкции эти районы были крайне бедными, а засуха в конце 1860-х годов, за которой последовала общая сельскохозяйственная депрессия 1870-х годов, нанесла ущерб как белым, так и чернокожим жителям.
Правительства, сформированные в южных штатах в рамках программы реконструкции Конгресса, вопреки традиционным клише были достаточно честными и эффективными. Хотя этот период в истории иногда называли "реконструкцией чернокожих", в радикальных правительствах Юга никогда не доминировали афроамериканцы. В стране вообще не было чернокожих политиков кроме двух чернокожих сенаторов и горстки конгрессменов. Только один законодательный орган контролировался чернокожими. Те афроамериканцы, которые занимали какие-либо должности, по своей компетентности и честности были похожи на белых.
Эти радикальные правительства были весьма дорогими, но большие государственные расходы были просто необходимы, прежде всего для восстановления страны после войны и создания - впервые в большинстве южных штатов - системы общих школ. В некоторых штатах процветала коррупция, особенно в Кольце Твида, которое в то время активно грабило Нью-Йорк; однако нельзя утверждать, что большая вина лежит на республиканцах или винить чернокожих больше, чем белых в многочисленных скандалах, происходящих в то время.
Хотя некоторые белые южане, живущие в горных районах, а также плантаторы из богатых низменностей были готовы сотрудничать с афроамериканцами в работе в новых правительствах, таких людей было относительно немного; большинство белых южан по-прежнему было яростно настроено против политического, гражданского и социального равенства афроамериканцев. Иногда враждебность выражалась через террористические организации наподобие "Ку-клукс-клана", который пытался наказать так называемых "негров из верхушек" и изгнать их белых пособников с Юга. Чаще всего эта деятельность проявлялась в поддержке Демократической партии, которая постепенно восстанавливала свои позиции на Юге и ждала, когда Север устанет поддерживать радикальные режимы и выведет федеральные войска с Юга.
Администрация Улисса С. Гранта, 1869-1377 гг.
Во время правления президента Гранта происходило постепенное сокращение численности республиканцев. Как политик президент был довольно пассивным, не проявляя ни малейшего блеска, с которым он сражался на поле боя. Его администрация была запятнана нечестностью его подчиненных, которых он при этом с любовью защищал. Постепенно радикальные лидеры партии, такие как Самнер, Уэйд и Стивенс, перешли к Роско Конклингу и Джеймсу Г. Блейну, лишенных идеалистического рвения, которым характеризовались ранние республиканцы из руководства партии. В то же время многие жители Севера устали от процесса реконструкции и от ежегодных вспышек насилия на Юге, которые требовали повторного применения силы федералами.
Усилия по укреплению радикальных режимов на Юге становились все более безуспешными. Принятие пятнадцатой поправки (1870 год), запрещающей дискриминацию по расовому признаку при голосовании, мало что дало Югу, в котором от участия в выборах афроамериканцев удерживали террористические организации и экономическое давление со стороны плантаторов.