Богембай-батыр родился в долине реки Боген у западного подножия хребта Каратау (современный Байдибекский район Туркестанской области Казахстана).
Он происходил из семьи потомственных батыров рода канжыгалы племени Аргын. Его дед Алдеуин-батыр был военоначальником войска казахского хана Есима, а отец Акша-батыр - главнокомандующим армии казахского хана Тауке.
В истории казахов Богембай-батыр самый уважаемый полководец из числа "черной кости" (не чингизидов).
Практически вся его долгая жизнь прошла в походах и битвах. Воевал он практически против всех - китайцев, джунгар, казаков, киргизов, башкир. Обладал полководческим даром и мастерством командира, которое выработал в многочисленных боях и кампаниях против разных противников.
Правда некоторые достижения других казахских полководцев сейчас приписываются ему. Это в основном связано с политическими установками. Так, он не был выбран главнокомандующим казахского ополчения в 1710 году на Каракумском сборе как утверждается в официальной историографии. Главнокомандующим был выбран другой батыр со схожим именем Бокембай из рода Табын, который и привел казахов к победам в Аныракайской кампании.
Канжыгалы Богембай начал свою полководческую деятельность с Буланты-Билеутинской кампании, где казахи в течении 2 лет вели партизанскую войну против джунгар в Тургайской степи, отрезая их от волжских калмыков. Именно здесь взошла его слава как отличного командира и бесстрашного воина.
Затем было участие в составе всего казахского ополчения в Аныракайской битве, где он был в авангарде казахов и преследовал отступающих джунгар практически до их опорного пункта в Аягузе (Восточно-Казахстанская область Казахстана).
С этих пор Канжыгалы Богенбай стал главным полководцем казахов и основной его сферой действий стал Восточный Казахстан и Семиречье, которые он оборонял от джунгар и китайско-манчжурских отрядов.
В этот период казахи стали проникать далеко вглубь территории современного Синьцзяна и пасти скот даже на территории западных провинций Китая, населенных в основном китайцами и дунганами. Китайцы ничего не могли сделать с этим, так как не обладали какими-либо значительными конными отрядами для преследования казахов. Отдельные пешие отряды китайцев легко вырезались казахами и поэтому китайцам пришлось признать право казахов пасти скот практически на всей территории Западной Монголии и современного Синьцзяна. Казахи стали часто появляться в Пекине, где богдыханы принимали их посольства.
Богенбай-батыр умер в преклонном возрасте и его последней битвой в возрасте 77 лет стала битва с кыргызами в местности Карабалта. Пока он был жив казахи спокойно кочевали по всей территории от Семиречья до Урумчи. Одно только имя Богембая внушало страх врагам, не давая им осуществлять разбойничье набеги.
Похоронен батыр в Туркестане, внутри мавзолея Ходжа Ахмеда Яссави.