Марио Фернандес родился и начал заниматься футболом в бразильском муниципалитете Сан-Каэтану-ду-Сул штата Сан-Паулу. Пройдя все стадии взросления в системе родного «Сан-Каэтано», Фернандес был готов дебютировать во взрослой команде, выступавшей тогда во втором по счету бразильском дивизионе, однако сделать это защитнику не довелось: в 18-летнем возрасте его заприметили скауты «Гремио».
Весной 2009 года трансфер был оформлен, и совсем скоро Марио стал одним из твердых игроков основного состава. Именно наставники «Гремио», кстати, инициировали перевод Фернандеса на правый фланг обороны: в «Сан-Каэтано» Фернандес обычно исполнял роль центрального защитника.
Прогресс молодого футболиста на новом уровне был настолько впечатляющим, что сообщения об интересе к Марио со стороны многих европейских клубов не заставили себя долго ждать. Борьбу за перспективного футболиста выиграли в итоге армейцы: в мае 2012 года Марио Фернандес поставил подпись под пятилетним контрактом. Чуть позже генеральный директор ПФК ЦСКА Роман Бабаев в интервью для официальной клубной программки расскажет о том, что красно-синие со своим предложением буквально на несколько дней опередили мадридский «Реал». А сам Марио в первом на российской земле интервью для CSKATV заявил следующее «ПФК ЦСКА – большой клуб со славными традициями, в котором дело поставлено исключительно профессионально. Теперь у меня есть все для того, чтобы прогрессировать и добиваться с командой больших побед».
Слова у нашего защитника не разошлись с делом. С самого первого матча в новом сезоне (против «Ростова» 21 июля 2012 года) Фернандес занимает прочное место в основе. Лишиться его, да и то на некоторое время, нашего защитника и по сей день могут заставить только травмы: известный своим волевым характером и умением бескомпромиссно вести борьбу, Марио не раз выбывал из строя из-за различных повреждений, но, возвращаясь, с первых же матчей всегда демонстрировал привычно высокий уровень футбола.
По словам бывшего наставника ПФК ЦСКА Леонида Слуцкого, Марио Фернандес — ключевая фигура как в тактических построениях команды, так и с точки зрения организации атакующих действий. Наблюдая за игрой защитника, авторитетные футбольные специалисты не раз высказывали мнение, что он будет крайне полезен сборной России, однако в итоге сам Марио, всерьез рассматривавший вариант с натурализацией, все же предпочел выступать за национальную команду родной страны.
В составе нашей команды Марио Фернандес становился двухкратным чемпионом страны, а также обладателем Кубка и Суперкубка России.
Свою карьеру в ПФК ЦСКА Фернандес начинал под 13-м номером, однако позже сменил его на 2 .