Пифагор тщательно подходил к отбору новичков, желающих проходить обучение, говоря, что «не из каждого дерева можно вырезать Меркурия». Им была создана собственная система испытаний, которые должны были проходить абитуриенты. Испытания эти были взяты из египетского посвящения, но были сильно смягчены Пифагором, учитывая впечатлительность греков. Будучи египетским посвященным, он хорошо помнил ужасы египетских испытаний, сопряженных с риском для жизни, которые сам проходил в течение 22 лет в храме Мемфиса.
На первом этапе, пришедший по рекомендации родителей новичок, допускался только в гимнастический зал, где с такими же, как он молодыми людьми упражнялся в метании дротиков и беге. В зале царствовала атмосфера вежливости и доброжелательности. Пресекались громкие крики, бахвальство атлетов своей силой или мускулами. Запрещалось единоборство, которое, по мнению Пифагора, наряду с развитием ловкости, вводит элементы гордости и уподобляет людей, стремящихся к истинной дружбе, диким зверям. Новичок узнавал эти правила из общения с пифагорейцами. Его приглашали участвовать в беседах, при этом предлагали свободно высказывать свои мысли и оспаривать чужое мнение. Всё это делалось благожелательно, с изящной предупредительностью. Учителя зорко наблюдали за ним, не делая никаких замечаний. Иногда появлялся Пифагор и тайно следил за жестами и речью новичка. Он придавал большое значению походке и тому, как смеется ученик, считая, что смех раскрывает сущность человека и проявляет добрый он или злой. На основе этих наблюдений учителя составляли мнение об ученике и возможности его участия в следующих испытаниях.
На следующем этапе ученику необходимо было провести ночь в пещере, про которую ходили слухи, что в ней появляются привидения. Юношей, отказавшихся от участия в испытании или бежавших из пещеры, считали недостойными проходить посвящение.
Более жестоким было нравственное испытание. Неожиданно ученика заключали в келью на 12 часов. Ему давали доску и задание: найти тайный смысл какого-нибудь символа. Из еды только хлеб и вода. По истечении заданного времени его вводили в зал, полный пифагорейцев, которые обязаны были осмеивать испытуемого самым беспощадным образом. Голодный и униженный невозможностью решить задачу ученик должен был овладеть собой и сохранять спокойствие. Если испытуемый плакал, ругался или бросал доску его считали недостойным посвящения и изгоняли. Те же молодые люди, которые сохраняли присутствие духа, спокойно и разумно отвечали на насмешливые крики, торжественно принимались в школу.