Арсений был необычным монахом, материальные блага и положение в обществе его не интересовали совершенно. Он и в монахи постригся, не смотря на то, что происходил из обеспеченной и уважаемой семьи. Однако после пострига его все равно выбрали игуменом Троице-Сергиевой Лавры. Должность окруженная почетом, но все равно Арсений ходил в старой залатанной одежде, питался очень скромно, трудился больше всех.
Приехал в Лавру большой начальник, а игумен в рубище ходит. Начальник спрашивает монахов: «Что тут у вас творится, вообще?» Монахи отвечают: «Наш игумен только и думает, как уйти от нас». А хозяйство большое и Арсений им отлично управлял, то есть он не юродивый был, и все очень хотели, чтобы он остался. Начальник покачал головой и уехал, а Арсений вскоре после этого сбежал в Вологодские леса.
Но как это обычно бывает с таким людьми, даже там ему покоя не было. Из одной глуши его прогнали местные, опасаясь, что вокруг старца соберется большой монастырь. В другой глуши монастырь вокруг него таки собрался, а вокруг монастыря еще и большое село. Старец понял, что пора ему опять перебираться.
Со своим любимым учеником Герасимом он расчистил место в Комельском лесу, начали они обзаводиться хозяйством, завели коров. Но тут, на коров начали нападать медведи, ни днем ни ночью покоя от них не было, хоть избавляйся от коровника. Как-то раз один самый наглый медведь напал на корову и начал ее драть. Арсений, не сходя с места, связал зверя молитвой и зовет ученика: «Герасим, высеки медведя, чтобы неповадно было». Герасим был послушный наломал лозы и начал изо всех сил медведя сечь, пока старец не сказал, что хватит. Медведь все это время стоял как вкопанный и урок понял хорошо. Как только старец его молитвой развязал, поклонился Герасиму до земли как будто человек, и с тех пор уже медведи к их коровам не лазили.
По последнему месту его жизни этого беглого игумена Арсения прозвали Комельским. Подробное описание его жизни и чудес сгорело в пожаре Комельского монастыря в 1596 году. С краткими заметками о нем можно ознакомиться здесь.