Государственный музей истории религии был образован в сентябре 1930. 15 ноября 1932 г. Музей был торжественно открыт в здании Казанского собора. В основу коллекций нового музея были положены экспонаты из собраний Музея антропологии и этнографии им. Петра Великого (Кунсткамера), Государственного Эрмитажа, Библиотеки Академии наук и Государственного Русского музея.
Музей истории религии создавался в рамках Академии наук как исследовательское и научно-просветительное учреждение, призванное комплексно изучать религию как сложный общественно-исторический феномен, включая рассмотрение эволюции религиозных представлений и культов, места религии в духовной культуре различных эпох.
Период с 1932 по 1944 г. — это этап становления Музея истории религии, заложения основ и традиций научно-фондовой, экспозиционной, просветительной и исследовательской работы. К 1941 г. МИР сосредоточил в своих фондах богатейшее собрание экспонатов, отражающих многообразие религий.
Среди них —коллекция православных икон XVII-XX веков, предметы декоративно-прикладного и изобразительного искусства, отражающие историю и культуру западного и восточного христианства, индуизма и буддизма, ислама, иудаизма, традиционных верований народов Кавказа, Сибири, Поволжья, религий Китая и Японии.
Второй этап истории Музея (1944–1960) связан с восстановлением его после войны и созданием большой экспозиции по истории религий мира, сделавшей его известным не только в СССР, но и за рубежом. Были созданы экспозиции отделов «Религия Древнего Египта», «Религия и атеизм Древней Греции», «Происхождение христианства», «История православия и русского атеизма», «История папства и инквизиции», «Религии Китая», «Естествознание и религия», многочисленные передвижные фотовыставки.
В 2000 г. ГМИР переехал в новое здание и теперь располагается недалеко от здания Законодательного Собрания Санкт-Петербурга и Исаакиевского собора.
Сегодня в числе приоритетных направлений деятельности Музея — не только изучение памятников культурного наследия и экспозиционно-выставочная деятельность, но из создание просветительских и музейно-педагогических программ, актуального музейно-туристического продукта, адресованного разным группам посетителей.