С началом Отечественной войны Александр I поручил подразделениям внутренней стражи под личным руководством Е.Ф.Комаровского выполнение важных государственных задач, связанных с обеспечением армии резервами, организацией охраны и безопасности на освобожденных территориях.
Летом 1812 года по личному поручению императора Евграф Комаровский приступил к мобилизации рекрутов для пополнения сил действующей армии России. К осени ему удалось сформировать две пехотные дивизии, в составе каждой из которых числилось по шесть полностью укомплектованных полков. К тому времени русские войска под командованием М.И.Кутузова перешли в масштабное наступление и начали освобождать разграбленные противником города и села. Для наведения общественного порядка, пресечения мародерства и грабежей, несения гарнизонной службы на их территорию прибыли подразделения внутренней стражи. Во время Отечественной войны офицеры внутренней стражи получили боевой опыт, что способствовало развитию ведомства как отдельного воинского формирования, способного выполнять специальные задачи. «За ревностное исполнение долга» в годы войны Е.Ф.Комаровский в качестве инспектора внутренней стражи России был награжден орденом Святого Владимира 2-й степени.
В послевоенные годы под контролем самого императора Евграф Комаровский продолжил совершенствовать структуру и состав ведомства, выбирая на службу «исправнейших, способнейших и преимущественно служивших в кавалерии» офицеров.
