Расположен музей в историческом центре Санкт-Петербурга на территории и в зданиях бывшего лейб-гвардии Семеновского полка. Собрание музея берет начало от первых медицинских коллекций Российской империи и Советского Союза. Фонды музея содержат более 450 тыс. экспонатов, отображающих основные этапы становления и развития российской медицины и вклад ее выдающихся представителей в мировую сокровищницу науки.
Музей был создан 12 ноября 1942 г. в Москве. Необходимость создания музея стала очевидна в разгаре Великой Отечественной войны: военным медикам нужна была учебно-научная база для обмена знаниями, повышения квалификации.
Материал для музея собирали специальные музейные фронтовые бригады, которые выезжали на поля сражения.
В настоящее время в музее хранятся произведения изобразительного искусства, коллекции медицинских инструментов, лекарственных средств, формы одежды гражданских и военных медиков, предметы военно-медицинского снабжения, указы, атласы, медицинские книги, более 300 персональных фондов видных деятелей медицины и естествознания.
