Не имея достаточных полномочий, белые южане обратились к своим политическим лидерам за рекомендациями по реорганизации своих правительств; новые режимы на Юге продолжали такую же политику, что и в доколониальный период. Разумеется, рабство было отменено, но каждое восстановленное правительство Южного штата продолжало принимать "Черный кодекс", регулирующий права и привилегии освобожденных. В этих кодексах афроамериканцы рассматривались как низшие слои общества, они занимали второстепенное и подчиненное положение. Их право на владение землей было ограничено, они не могли носить оружие, но могли быть взяты обратно в рабство за бродяжничество и другие правонарушения. Поведение белых южан показало, что они не готовы гарантировать даже минимальную защиту прав афроамериканцев. В ходе беспорядков в Мемфисе (май 1866 года) и Новом Орлеане (июль 1866 года) афроамериканцы подверглись жестокому нападению.
Законодательство о гражданских правах
Наблюдая за этими событиями, северные республиканцы во время сессий конгресса 1865-66 годов неизбежно вступали в конфликт с президентом. Конгресс попытался защитить права афроамериканцев, поддерживая Бюро Фридменов, учрежденного в марте 1865 года для облегчения перехода от рабства к свободе; однако Джонсон наложил вето на законопроект. Аналогичная участь постигла и закон об определении и гарантировании основных гражданских прав афроамериканцев, но республиканцам удалось преодолеть вето президента. Пока президент с крыльца Белого дома осуждал лидеров Республиканской партии как "предателей", республиканцы в Конгрессе пытались сформулировать свой собственный план реконструкции Юга. Их первой попыткой стало принятие четырнадцатой поправки, которая гарантировала основные гражданские права всем гражданам, независимо от цвета кожи, и которая пыталась убедить южные штаты в предоставлении афроамериканцам права голоса, угрожая сократить их представительство в Конгрессе.
Президент, северные демократы и белые южане отвергли этот республиканский план реконструкции. Джонсон пытался организовать свою собственную политическую партию на съезде Национального союза, который состоялся в Филадельфии в августе 1866 года, а в августе и сентябре он посетил многие северные и западные города, чтобы защитить свою политику и раскритиковать республиканских лидеров. По настоянию президента, все южные штаты, за исключением Теннесси, подавляющим большинством отвергли четырнадцатую поправку.
Побеждая на осенних выборах, республиканцы Конгресса выдвинули на сессии 1866-67 гг. вторую, более жесткую программу по восстановлению прав Юга. После долгих и ожесточенных споров между радикальными и умеренными республиканцами, лидеры партии, наконец, выработали компромиссный план реконструкции 1867 года. Расширенный тремя дополнительными актами, этот закон стирал с лица земли режимы, созданные президентом на Юге, возвращал бывшую Конфедерацию под военный контроль, требовал принятия новых конвенций и конституций, включая избирательное право афроамериканцев и лишение бывших лидеров Конфедерации права занимать свои посты. В соответствии с этим законом во всех бывших конфедеративных штатах (за исключением Теннесси) были созданы новые правительства; и к июлю 1868 года Конгресс согласился принять на работу сенаторов и представителей из Алабамы, Арканзаса, Флориды, Луизианы, Северной Каролины и Южной Каролины. К июлю 1870 года остальные южные штаты также были реорганизованы.
Подозрительные в отношении Эндрю Джонсона, республиканцы в Конгрессе не доверяли президенту в ходе исполнении принятого ими закона о реорганизации, поэтому они пытались лишить его власти. Конгресс ограничил контроль президента над армией, потребовав, чтобы все его военные приказы отдавались через генерала армии Улисса С. Гранта, который считался верным радикальному делу, а в Законе 1867 года о сроке службы они ограничили право президента увольнять назначенных офицеров. В то время, когда Джонсон продолжал делать все возможное, чтобы блокировать применение радикального законодательства на Юге, радикальные члены Республиканской партии потребовали его импичмента. Принятое президентом в феврале 1868 г. решение об исключении радикального министра обороны Эдвина М. Стентона из состава кабинета министров, явно противоречащее закону о сроке полномочий, послужило поводом для импичмента. Палата представителей проголосовала за импичмент президента, и после длительного судебного разбирательства Сенат оправдал его лишь одним голосом.