В XVI—XVII вв. трансформации имели в Центрально-Восточной Европе большое значение в силу роли религиозных факторов в конфликтах и событиях, а также в силу положения религии в общественной культуре.
Эта область истории освещена в современной науке довольно слабо.
В будущем следует восполнить пробел в этой области, сделав предметом исследования всю историю обществ Центрально-Восточной Европы.
Религиозный плюрализм, характерный для Центрально-Восточной Европы в конце Средневековья, в XVI в. стал специфическим признаком всех ее стран; он приобрел масштабы, о которых не помышляли другие, причем не только европейские, государства. Католическая церковь несла огромные потери. Тем не менее, в некоторых областях, например, в польской и литовской Речи Посполитой, ее основные организационные структуры остались практически нетронутыми.
Позднее, начиная с середины века, в Польше начали распространяться новые течения Реформации, сила и значимость которых не переставали расти. «Очная ставка» «восточных конфессий» Центрально-Восточной Европы с религиозными тенденциями, пришедшими с Запада, равно как и с их учениями, порой противоречивыми, оказалась непростой еще и потому, что они не могли рассчитывать на поддержку своих восточных единомышленников.
В Европе, как и в других странах, восточные церкви продолжали соблюдать свои традиции, стараясь не отступать от первоначальных канонов, даже в мелочах. Тем не менее, эта нелёгкая встреча, произошедшая в XVII в., положила начало новым экспериментам и большим спорам, приобретавшим сильный «западный» оттенок.
Жизненная сила и динамизм практически всех направлений Реформации, отказавшейся от основных христианских догм, были внове для Центрально-Восточной Европы. Лютеранство, начиная с 1517 г., обрело много сторонников среди немецких бюргеров, не потерявшего своей прочной позиции во многих городах. Дворянство, главным образом в Польше и Венгрии, позднее оказалось восприимчивым к идеям Кальвина и его последователей. С 1520 г. в Чехии и Моравии заявили о себе радикально настроенные группы, отвергавшие прежде всего догмат Троицы.
В ходе последующих десятилетий они появились как в литовско-польской Речи Посполитой, так и в венгерских землях, в частности в Трансильвании. В Чехии в XVI в. сохраняли свою самобытность местные церкви, основанные в X V в., то есть утраквистская церковь и «Община Чешских братьев», распространявшие своё влияние и на другие сообщества.
Сосуществование конфессиональных сообществ в различных странах и регионах выглядело иначе, география распространения протестантизма непрерывно менялась. Привилегии для сословий обычно гарантировали религиозную свободу. Особенно дворянские привилегии, которые, благодаря значимости региональных автономий и господства аристократии и дворянства над своими подчинёнными, обеспечивали благоприятные условия существования как для человека, так и сообщества в целом. Не менее весомыми были привилегии городского сословия и его автономия. Однако на практике ситуация оказалась в высшей степени сложной.
По традиции, религиозное единство учитывалось как необходимое условие объединения любого общества, большого или малого, так и любой монархии. Не случайно Аугсбургский религиозный мир 1555 г. утвердил в Империи, разделённой в конфессиональном плане, принцип «cuius regio eius religio» («чья власть, того и вера»), ставший основой сосуществования. Согласно этому принципу, любой правитель, примкнувший к той или иной конфессии, имел право требовать от своих подчинённых того же вероисповедания, прибегая в случае необходимости к принуждению.
Приход многих государств к абсолютизму логически повлёк за собой «конфессиональный абсолютизм» в качестве опоры власти. Он принимал различные формы и не был связан с какой-либо определённой конфессией: так, можно смело говорить о католическом, протестантском и даже православном абсолютизме.
В сравнении с XVI веком XVII век ознаменовал собой практически повсеместный триумф католицизма.
В одних странах этот процесс начался раньше, в других позже, однако основные направления изменений не вызывает сомнений. Рекатолизация заключала в себе элементы принуждения, особенно заметные в политике, которой неизменно следовали Габсбурги. Ярким примером насильственного насаждения католицизма стала Чехия после событий 1620 г. Однако, помимо принуждения, существовал и сознательный выбор католической веры, возвращение в массовом масштабе к «вере отцов» и искреннее обращение.
Католицизм проявил себя как в форме Контрреформации, то есть яростной борьбы, использующей принудительные меры ко всем «еретикам» и «раскольникам», так и в виде «католической Реформации», обладавшей своим духовным характером и продуманной программой пасторского богословия.
Поэтому лучше всего сохранять дистанцию в отношении этих давних событий, поддерживая в себе стремление понять людей и явления в их собственном временном контексте, сообразуясь с менталитетом нации и её культурой.