Эмилия Кларк родилась 23 октября 1986 года в столице Великобритании, Лондоне, но детство провела в Беркшире. Ее отец работал звукорежиссером, а мать занималась бизнесом. Когда Эмилии было три года, родители впервые отвели ее в театр, на спектакль, на котором работал отец. С того самого вечера девочка заболела идеей стать актрисой. С 2000 по 2005 год Эмилия учится в St. Edward's school of Oxford, где активно принимает участие в постановках школьного театра, а после окончания школы за профессиональным театральным образованием отправляется в престижный Лондонский драматический центр, который в свое время закончили Пол Беттани, Колин Ферт и Пирс Броснан. Во время учебы Эмилия успела сыграть более, чем в 10, учебных постановках Центра, среди которых были спектакли по пьесам Чехова, Гоголя, Шекспира и Шоу. Дебют на телевидении состоялся у Эмилии в 2000 году в эпизоде сериала «Врачи», а первую полноценную роль молодая актриса получила уже после окончания обучения, в 2010 году, в телефиль