В 1799 году Е.Ф. Комаровскому было поручено командование сводным гренадёрским батальоном для защиты великого князя Константина Павловича при осуществлении перехода русских войск через швейцарские Альпы.
После освобождения северной Италии от французской оккупации отряду русских войск под предводительством А.В.Суворова предстояло перейти через заснеженные вершины Альпийских гор и соединиться с корпусом генерала А.М.Римского-Корсакова в районе Цюриха для осуществления дальнейшего наступления на противника.
В Швейцарском походе полковник Комаровский сопровождал великого князя Константина Павловича, который, как и другие солдаты, не считаясь с лишениями и опасностями, отправился кратчайшим, но наиболее трудным путем через горную гряду навстречу союзным войскам.
В своих мемуарах граф Е.Ф.Комаровский вспоминал: «Поход через Альпийские горы не представлял нам никаких выгод, ни такого изобилия в продовольствии, как Италия. Напротив того, в осеннее время, с беспрестанными дождями, а часто и снегом, без бараков, которых не из чего было сделать, армия находилась под открытым небом и питалась одним сыром и картофелем, от чего сделались болезни».
Евграф Комаровский лично принимал участие в знаменитых боях за перевал Сен-Готард и Чёртов мост. Под его командованием сводный гренадерский батальон, успешно преодолевая горные перевалы и яростное сопротивление неприятеля, значительно продвинулся в северном направлении и освободил деревни Нефельс и Моллис, захватив вражеское знамя и взяв в плен более 300 солдат противника.
Тем временем, оставленный союзниками по второй антифранцузской коалиции корпус А.М.Римского-Корсакова потерпел тяжелое поражение и спешившие на помощь русские войска под командованием А.В.Суворова, оказавшись во вражеском окружении, были вынуждены, преодолев еще один суровый переход через хребет Паникс, направится в зимние квартиры в Аугсбург.
С завершением военных действий в Швейцарии Е.Ф.Комаровский прибыл в Санкт-Петербург, где в награду «за понесённые ратные труды и оказанную при сём храбрость» был произведен в чин генерал-майора, а также возведён в графское достоинство. Сверх того император Павел I вручил ему орден Святого Иоанна Иерусалимского.
