Современные популяции домашних животных не всегда характеризуются сильной филогеографической структурой. Например, это относится как к митохондриальному, так и к микроспутниковому уровню для лошадей и дромедарий, где возможности для крупномасштабного рассеяния и перемещения популяций по трансконтинентальным торговым маршрутам однородны по географической структуре популяций этих видов.
Кроме того, несмотря на убедительные археологические данные, подтверждающие ближневосточное происхождение европейских свиней, в домашних свиньях из Европы не обнаружено родословных мтДНК диких кабанов, обнаруженных на Ближнем Востоке.
Генетические признаки ранних домашних свиней из Восточной Анатолии маскировались местной интрэгрессией кабанов, когда они распространились на Западную Анатолию. Эта особенность местной мтДНК затем распространилась в Европу вплоть до современной Франции, пока она не была утеряна из-за примеси с местными кабанами.
Вслед за этим, в начале бронзового века, обратная миграция европейских домашних свиней заменила местную подпись мтДНК у анатолийских свиней. Кроме того, в древнем Израиле интрэгрессия материнской линии домашнего происхождения не ограничивалась домашними свиньями, а охватывала также диких кабанов, которые приобрели европейские гаплотипы в железный век (2900 фунтов стерлингов).
Важнейшим следствием этой работы является то, что прошлый оборот и полная замена таких линий мтДНК, не обнаруживаются в исследованиях современного разнообразия мтДНК свиней. У собак, большинство филогеографических анализов собачьего генетического разнообразия показывают, что процесс одомашнивания происходил только один раз; однако, местоположение первоначального центра одомашнивания все еще находится под вопросом, с Европой, Центральной и Восточной Азией, предложенными в качестве вероятных кандидатов.
Эта картина еще больше осложняется другими недавними исследованиями, которые, напротив, предполагают наличие двух центров одомашнивания, таких, что западноевропейские и восточноазиатские собаки образуют две разные группы, расходящиеся между 14,000 и 6400 YBP.
Время этого раскола было оценено с использованием коэффициента мутаций по всему геному, рассчитанного на основе генома собаки, примерно, 4 800-летней давности, раскопанной в Ньюграндже, неолитической проходной гробнице в Восточной Ирландии. Кроме того, секвенирование мтДНК 59 древних собак показало, что гаплогруппы C и D, которые были наиболее многочисленными в Европе до 3,000 YBP, в настоящее время заменены гаплогруппами A и B.
Это соответствует сценарию, при котором собаки были независимо одомашнены в Европе и Восточной Азии, но позже рассредоточились вместе с людьми из Азии в Европу, вытеснив ранних местных европейских собак. Эта интерпретация также согласуется с предыдущими работами по древней скандинавской собачьей мтДНК. Если палеогеномика одомашнивания собак уже недостаточно запутана, другой древний геном привнес дополнительный слой сложности.
Эта последовательность была получена от серого волка, который жил на полуострове Таймыр, Центральная Северная Сибирь, 35 000 YBP и принадлежал к популяции волка, чьи потомки способствовали одомашниванию, в частности, генетическому составу гренландских санных собак и других арктических пород. Это говорит о том, что потомки таймырского волка выживали до тех пор, пока собаки не были одомашнены в Европе, прибывая в высокие широты, где они смешивались с местными волками и вносили свой вклад в субстрат современных арктических пород.
Однако хронологии, оцениваемые для первичных эволюционных расхождений между дикой и внутренней линией, не обязательно соответствуют началу процесса одомашнивания; они дают только верхние границы. Это явление, пожалуй, лучше всего иллюстрируется на примере лошадей, для которых время расхождения между популяцией всех известных домашних лошадей и линией, ведущей к последней дикой лошади - Пшевальской - в настоящее время оценивается в 6000 YBP.
Во-вторых, оценка времени расхождения может отражать другие демографические процессы, а не разовое одомашнивание, например, аллопатрический разрыв, обусловленный климатическими, топографическими или другими факторами окружающей среды.
Таким образом, в случае домашних канид время расхождения между собаками-волками и домашними животными в пределах 20 000-60 000 YBP не означает, что собаки были приручены в течение этого конкретного периода, хотя морфология черепа канид пещеры Гойет Бельгии, составлявшая приблизительно 32 000 YBP, была интерпретирована как доказательство того, что собаки впервые были приручены гораздо раньше, чем предполагалось ранее.
Кроме того, анализ ДНК показал, что каниды пещеры Гойет не оставили следов мтДНК у современных собак, предполагая, что эта популяция не играла никакой роли в одомашнивании собак, а может представлять вымершую морфологически и генетически разнородную популяцию волка.