Юрий Лодыгин родился во Владимире, отец — русский, мать — гречанка. В 2000 году с семьей переехал в Грецию, где начал играть в деревенской команде. В 15 лет стал игроком молодёжной команды «Ксанти». Из-за большой конкуренции был отправлен в клуб из четвёртого дивизиона «Эордаикос», в 2004 вернулся во Владимир, но через год уехал обратно в Грецию — в Драму, где попал в молодёжную сборную города.
За молодёжную команду «Ксанти» провёл три сезона, а 17 июня 2009 года подписал профессиональный контракт с этим клубом. В сезоне 2010/11 провёл двадцать пять встреч во втором дивизионе чемпионата Греции (и два кубковых матча) за «Эордаикос» на правах аренды. Провел за сезон 27 матчей, получил вызов в молодёжную сб. Греции, но так ни разу на поле не вышел. В 2011 году ездил на сборы со «Спартаком-Нальчик», но клубы не смогли договориться о трансфере, также Черчесов хотел пригласить вратаря в «Терек», но и этого не произошло. За «Ксанти» Лодыгин дебютировал в последнем матче сезона 2011/12 против «Эрготелиса». В сезоне 2012/13 стал основным вратарём команды, вызывался на товарищеские матчи молодёжной сборной страны и даже получил вызов в главную греческую сборную, но на поле за неё не выходил.
7 июня 2013 года было официально объявлено о переходе Лодыгина в «Зенит». Сумма трансфера составила 800 тысяч евро, игрок подписал трёхлетний контракт. Имея тогда греческий паспорт, он выбрал российское футбольное гражданство. В РФПЛ дебютировал 17 июля 2013 года в матче с «Краснодаром», в отсутствие травмированного Вячеслава Малафеева стал основным вратарем команды и был признан болельщиками клуба лучшим игроком команды августа. 24 марта 2014 в домашнем матче с «Крыльями Советов» стал четвёртым вратарём в чемпионате России, отразившим два пенальти в одном матче. По итогам сезона 2013/14 Лодыгин был признан лучшим игроком «Зенита» по версии болельщиков.
27 сентября 2014 года в матче со «Спартаком» оставив свои ворота в неприкосновенности, вошёл в символический Клуб Леонида Иванова. 29 сентября 2014 года продлил контракт с клубом до конца сезона-2018/19.
Осенью 2014 года стал автором самой длинной сухой серии в еврокубках среди вратарей клуба за всю его историю — 534 минуты.
В начале сезона 2015/16 играл нестабильно, допускал ошибки. 29 сентября 2015 в матче Лиги чемпионов с «Гентом» уступил место в воротах Михаилу Кержакову. Спустя некоторое время вернулся в основу клуба.
Сезон 2016/17 сложился для Юрия неудачно. Новый главный тренер «Зенита», Мирча Луческу, сначала долго выбирал между Лодыгиным и Михаилом Кержаковым, поочередно ставя их в основной состав. Больше предпочтения Луческу отдавал Михаилу, исходя из частых ошибок Юрия, но в итоге сделал ставку на последнего. 23 декабря 2016 года состоялся трансфер голкипера Андрея Лунёва в «Зенит», который до этого ярко выступал за «Уфу». Проведя несколько матчей, Андрей стал основным вратарём команды. Однако в конце сезона Лодыгин получил шанс выйти на поле и продемонстрировал уверенную игру, отметившись несколькими хорошими сейвами: 17 мая 2017 года в игре с «Краснодаром», заменив на 45 минуте травмированного Лунёва, как и в матче с ЦСКА 22 октября, а также 21 мая, проведя полноценный матч с «Локомотивом» Юрий оставил свои ворота «сухими».
27 января 2019 года перешёл в греческий «Олимпиакос» на правах аренды до конца сезона 2018/19. Дебютировал 1 марта в ответном матче кубка Греции против «Ламии» (0:1). 16 июня 2019 года стало известно об уходе Лодыгина из «Зенита».
Как состоят дела Юры после ухода из «Зенита» ?
3 августа 2019 года подписал двухлетний контракт с турецким клубом «Газиантеп».
За этот клуб он провёл 2 игры, в которых пропустил 3 мяча. И как вы думаете, Юра начал реабилитацию своей карьеры? Пока что, к сожалению, нет. Как пример - ошибка в недавнем матче против «Трабзонспора».
На 14-й минуте встречи нападающий «Трабзонспора» Александр Серлот получил пас в штрафной соперника, после чего Лодыгин выбежал из ворот, подпрыгнул вверх и врезался в партнера по команде.
В итоге Серлот прошел мимо голкипера и забил мяч в пустые ворота. Матч завершился победой «Трабзонспора» со счетом 4:1.
В комментариях болельщики поиздевались над Лодыгиным.
«Блистательная игра Юрия Лодыгина на выходе», «Юра гандболом увлекся?», «Он — гений. Гений комедии!», «Какой бросок, для "Пионерской правды"», — писали юзеры.
_______________________________________________________________________________________
Хоть и когда-то Лодыгин считался сменщиком Акинфеева, всё пошло как-то не в ту сторону. 29 лет - пиковый возраст для вратарей. Как вы думаете, вернётся Юра на топ уровень? Кто виновник такого спада? Тренерский штаб вратарей или сам игрок? Ждёт ли такая же судьба Андрея Лунёва? Пишите в комментариях.