До открытия микробов в 17 веке были популярны другие теории о происхождении болезней. Например, древние греки предложили теорию миазмы, в которой утверждалось, что это заболевание происходит от частиц разлагающихся веществ, например, в канализациях или выгребных ямах. Такие частицы инфицировали людей в непосредственной близости от гниющего элемента.
Заболевания, включая черную смерть, которая опустошила Европу в средневековье, были признаны происходящими именно таким образом.
В 1546 году известный итальянский врач Джироламо Фракасторо в своем эссе предложил, что споры, похожие на семена, могут передаваться между людьми при прямом контакте, воздействии загрязненной одежды или воздуха.
Сейчас мы признаем Фракасторо одним из первых сторонников микробной теории инфекционных заболеваний, которая гласит, что болезни могут возникать в результате микробиологической инфекции. Однако в XVI веке идеи Фракасторо не получили широкого признания и были в значительной степени забыты до XIX века.
В 1847 году венгерский акушер Игнас Семмельвейс отметил, что матери, рожающие в больницах, где работают студенты медицинских вузов, чаще страдают и умирают от высокой температуры, чем матери в палатах с акушерским персоналом. Семмельвейс наблюдал, как студенты-медики проводили вскрытие тел умерших и после принимали роды без мытья рук.
Он подозревал, что студенты переносят заболевания именно таким образом. Подтверждением его подозрений стала преждевременная смерть друга, врача, заразившегося смертельной инфекцией после вскрытия женщины, умершей после родов от высокой температуры. Погибший врач по неосторожности нанес себе рану скальпелем, использовавшимся во время осмотра тела. Его последующее состояние было похоже на болезнь умершей пациентки.
Хотя Семмельвейс не знал истинной причины послеродовой лихорадки, он предположил, что врачи каким-то образом переносят возбудителя болезни к своим пациентам. Он полагает, что число случаев смерти можно было сократить, если бы врачи и студенты-медики просто мыли руки хлорированной известковой водой до и после обследования каждого пациента. При внедрении этой практики смертность среди новоиспеченных матерей, которые наблюдались у студентов, сильно снизилась. Это продемонстрировало, что мытье рук является очень эффективным методом предотвращения передачи заболеваний.
Несмотря на большой успех, многие отрицательно отнеслись к работе Семмельвейса в то время, и врачи не спешили принимать эту простую процедуру мытья рук для предотвращения заражением инфекциями, поскольку она противоречила установленным на тот период нормам.
В 1848 году британский врач Джон Сноу провел исследования для отслеживания источника вспышек холеры в Лондоне. Отследив вспышки эпидемии он сократил количество опасных зон до двух конкретных источников воды, оба из которых были загрязнены сточными водами. Исследование врача, в конечном итоге, продемонстрировало, что бактерии холеры передаются через питьевую воду. Работа Джона Сноу имеет большое значение, поскольку она представляет собой первое известное эпидемиологическое исследование, результатом которого стали первые известные меры общественного здравоохранения в ответ на эпидемию. В работах и Семмельвейса, и Сноу ясно опровергается преобладающая в наши дни теория миазмы, показывающая, что болезнь передается не только через воздух, но и через загрязненные предметы.
Хотя работы Семмельвейса и Сноу успешно показали роль санитарии в профилактике инфекционных заболеваний, причина болезни не была полностью изучена. Последующие работы Луи Пастера, Роберта Коха и Джозефа Листера еще больше укрепит теорию инфекционных болезней.
Изучая причины порчи пива и вина в 1856 году, Пастер обнаружил свойства ферментации микроорганизмами. Своими экспериментами с колбами с лебединой шеей он продемонстрировал, что причиной порчи продуктов является не самопроизвольное образование воздушных микробов, а также предположил, что если микробы несут ответственность за порчу продуктов и брожение, то они также могут быть причиной заражения. Это послужило основой для микробной теории болезней.
В это же время британский хирург Джозеф Листер пытался определить причины послеоперационных инфекций. Многие врачи не верили в то, что микробы на руках, одежде или в воздухе могут инфицировать хирургические раны пациентов, несмотря на то, что в среднем пятьдесят процентов пациентов умирают от послеоперационных инфекций.
Однако Листер был знаком с работами Семмельвейса и Пастера, поэтому во время операции он мыл руки и был в максимально чистой, для тех времен, одежде.
В 1867 году для дальнейшего снижения заболеваемости после заражений во время операций Листер начал использовать дезинфицирующие/антисептические средства в виде спрея карболовой кислоты (фенол) когда проводил операции.
Чрезвычайно успешные эксперименты по снижению послеоперационной инфекции привели к тому, что его методы стали общепринятой медицинской практикой.