Линкольн, вступивший в должность президента, был готов на всё, кроме признания Конфедерации независимым государством: он категорически отказывался принимать разделение союза. Первая проверка его намерений состоялась в начале президентского срока, когда он узнал, что федеральные войска под командованием майора Роберта Андерсона в форте Саммер, Южная Каролина (один из немногих военных объектов на юге, все еще находящихся в руках Севера) находятся под осадой и просят помощи. После консультаций с кабинетом министров Линкольн принял решение: помощь будет оказана любой ценой. 12 апреля 1861 года, незадолго до того, как корабли со снабжением смогли достичь осажденного Андерсона, пушки конфедератов в Чарльстоне открыли огонь по форту Саммер. Началась война.
В течение следующих четырех лет Союз и Конфедерация находились в состоянии конфликта. Эта война стала самой крупной войной на Западном полушарии в истории человечества.
Политика, проводимая правительствами Авраама Линкольна и Джефферсона Дэвиса, была удивительно похожа. Оба президента сначала полагались на добровольцев для укомплектования армии, и обе администрации не были готовы к вооружению и оснащению сотен тысяч молодых людей, которые стекались в армию на начальных этапах войны. По мере продолжения боевых действий оба президента неохотно прибегали к призыву - сначала его ввела Конфедерация в начале 1862 года, а затем и Федеральное правительство. Обе стороны проводили политику невмешательства в экономические вопросы, прилагая мало усилий для контроля над ценами, заработной платой и прибылью. Лишь железные дороги в обоих регионах подлежали строгому государственному регулированию, и Конфедерация при строительстве заводов провела несколько экспериментов в области "государственного социализма".
Ни администрация Линкольна, ни администрация Дэвиса не знали, как справляться с финансированием войны. Они так и не смогли создать эффективную систему налогообложения, и обе стороны сильно зависели от пожертвований. Столкнувшись с нехваткой средств, оба правительства были вынуждены обратиться к типографии и выпустить фиатные деньги; правительство США выпустило 422 млн долларов США "зеленью" (так называли эти беспроцентные бумажные деньги), а Конфедерация напечатала более 1,554 млн долларов. В результате этого, обе стороны столкнулись с сильной инфляцией, которая гораздо сильнее разгорелась на юге, где к концу войны мука продавалась по цене 1000 долларов за баррель.
Даже в вопросах рабства, которое являлось первопричиной войны, политика двух воюющих правительств была удивительно похожа. Конституция Конфедерации, которая во многом аналогична конституции Союза, включала в себя институт рабства. Несмотря на давление со стороны аболиционистов, администрация Линкольна изначально не была склонна искоренять "особый институт", хотя бы потому, что любой шаг к эмансипации подорвет лояльность Делавэра, Мэриленда, Кентукки и Миссури - четырех рабовладельческих штатов, оставшихся в составе Союза.
Движение к эмансипации
Однако, под давлением войны, оба правительства перешли к решению вопроса рабства. Линкольн пришел к выводу, что эмансипация афроамериканцев благоприятно повлияет на европейское мнение о Севере, лишит конфедератов их производительной рабочей силы на фермах и добавит столь необходимых федеральным армиям новобранцев . В сентябре 1862 года он выступил с предварительным заявлением об освобождении: Линкольн обещал освободить всех рабов на территориях повстанцев к 1 января 1863 года, если эти штаты добровольно не вернутся в Союз. Когда конфедераты проигнорировали его посланию, он сдержал своё обещание и выступил уже с окончательным заявлением. Естественным аккордом эмансипации стало создание афроамериканских войск, и к концу войны число чернокожих, служивших в федеральных армиях, составило 178 895 человек. Не будучи уверенным в конституционности своей эмансипации, Линкольн призвал Конгресс отменить рабство конституционными поправками; но это было сделано только 31 января 1865 года с тринадцатой поправкой, а фактическая ратификация состоялась только после войны.
Между тем Конфедерация, хотя и гораздо медленнее, также неумолимо дрейфовала в направлении эмансипации. Отчаянная потребность Юга в войсках заставила многих военных, включая Роберта Ли, ввести призыв чернокожих; наконец, в марте 1865 года Конгресс Конфедерации санкционировал увеличение численности афроамериканских полков. Хотя много чернокожих были завербованы в армию Конфедерации, на деле ни один из них так и не проявил себя, поскольку капитуляция была не за горами. Еще одним свидетельством осознания правительством Дэвиса неизбежности окончания рабства стало запоздалое обращение за помощью к Европе в марте 1865 года, когда Конфедерация пообещала освободить рабов в обмен на дипломатическое признание. Конфедерация в марте 1865 года пообещала освободить рабов в обмен на дипломатическое признание. Никто Конфедерацию так и не признал, и это стало еще одним доказательством того, что к концу войны и Север, и Юг осознали, что рабство обречено.