Лин Куэй - это клан жестоких убийц, который обосновался где-то в землях Китая. Наемники брались за выполнение любой работы, даже самой грязной и кровавой, и не было никого, кто бы о них не слышал.
Но наступил момент, когда один из членов клана решил покинуть его. Некто по имени Такеда бросил братьев и сестер, и уехал в Японию, желая обосновать собственную школу. Конечно, бывшие соратники не оценили поступок Такеды, который стал главой нового клана - Ширай Рю. Между двумя сообществами возник конфликт, который длился не одно десятилетие.
В один момент в Лин Куэй поняли, что дальше расти Ширай Рю позволять нельзя. Один из наемников проник в логово вражеского клана и отравил Такеду, после чего Ширай Рю оказался обезглавленным. Это стало причиной для обострения противостояния, в котором пока что не вырисовывалось однозначного победителя.
Годы спустя к главам Ширай Рю и Лин Куэй обратился колдун, который назвался Куан Чи. Чародей выдал заказ обоим сообществам отыскать некий артефакт, который позволил бы ему выполнить свои обязательства перед Шинноком. Некая Карта Элементов являлась его целью, и в погоне за ней наемникам предстояло преодолеть множество преград, в том числе сразиться с Младшими богами-элементалами.
От Лин Куэй на выполнение задания отправился ниндзя по имени Би Хан, который носил прозвище Саб-Зиро. Ширай Рю послали Ханзо Хасаши, носившего прозвище Скорпион. Ханзо смог добраться до храма нужного места раньше, и даже успел выкрасть Карту, но его настиг преследователь в лице Саб-Зиро. Скорпион проиграл в том сражении и утратил контроль над артефактом. Более того, Би Хан не пощадил поверженного врага и жестоко с ним расправился, после чего вернулся в логово Лин Куэй.
В награду за успешно выполненное задание Куан Чи истребил абсолютно всех членов Ширай Рю. Под раздачу попали не только рядовые воины, но и обычные люди - родственники ниндзя. Среди них оказалась жена и дочка Скорпиона, которых Куан Чи не пожалел.
После случившегося Би Хан получил новое задание - принести Куан Чи амулет Шиннока из Храма Элементалов, который охраняли Младшие боги.
