Фатьма Султан родилась в 1565 году, в городе Маниса Османской Империи. Родителями являлись Султан Мурад III и его фаворитка Нурбану Султан. В 28-ми летнем возрасте была выдана замуж за командующего флотом Османской Империи, Халил-пашу. Отец устроил дочери шикарную свадьбу в старом дворце, которая длилась целых семь дней и каждый день на протяжении недели шикарно праздновалась.
В 1595 году Фатьма узнала, что беременна, на тот момент ей было 30 лет. В октябре этого же года Фатьма родила сына, имя которого не известно. Некоторые историки утверждают, что ребёнок умер в младенческом возрасте, некоторые говорят, что Фатьма скрывала его от людских глаз, однако версия склоняется к тому, что сын Фатьмы Султан умер, когда был ребёнком.
В 1603-ем году Халил паша умер, Фатьма осталась вдовой, однако долго она не горевала. Через год в возрасте 39-ти лет она вышла замуж за Хазыр-пашу, командующего войском. В 1620-ом году Фатьма скончалась в возрасте 55-ти лет, была похоронена в мечети Ая-Софьи в Стамбуле.