В то время как бизнес Тони продолжал процветать, он связался с Кэтлин Дэр. Однажды когда Тони вернулся домой, она выстрелила в него, повредив позвоночник и оставив его парализованным. Сначала Тони был раздражен тем, как люди, казалось, смотрели на него с жалостью. Он изменил костюм Железного Человека, чтобы он мог иметь полную подвижность, надев их. Он начал проводить все больше времени в костюме. Когда Тони узнал о существовании биочипа, разработанного Cordco и, возможно, способного дать ему возможность ходить. Он рисковал своей жизнью, когда ему имплантировали его доктора.
Биочип привлек внимание коммерческого противника по имени Керсон Девитт, который хранил на Тони обиды, о существовании которых тот не знал. Финансируемый лично Десмондом Маррсом из корпорации Marrs, Девитт взломал биочип Тони и взял под контроль нервную систему направив на все его тело сильное напряжение. Тони смог сопротивлялся этому, используя энцефалическую связь в своей броне, но к тому времени, как он победил Девитта, его тело было настолько изуродовано, что он едва мог двигаться. Его броня стала единственным верным способом сохранить себя в живых. Он обратился за помощью к доктору Су Инь в Китае, но китайское правительство разрешило ему прийти на помощь Тони только в том случае, если тот отправит Железного Человека сражаться с Мандарином. Роудс одел на броню, чтобы сразиться с Мандарином, чтобы избавить Тони от этих забот, но Руодс проиграл. Тони пришлось использовать пульт дистанционного управления, который позволял ему управлять своей броней на расстоянии, чтобы победить Мандарина.
Во время миссии с Мстителями, чтобы положить конец войне между Кри и Ши'Ар, которая угрожала Солнечной системе, Тони выразил Капитану Америке свое сожаление, и они начали восстанавливать свою старую дружбу. По мере того как здоровье Тони продолжало ухудшаться, он стал использовать доспехи с дистанционным управлением, но когда они оказались непригодными для борьбы, Тони разработал доспехи для борьбы с переменными угрозами и забрал активы Stane International из рук его последнего владельца Джастина Хаммера. У Тони отказала нервная система, казалось, он умер. В своем последнем сообщении он сделал Роудса новым генеральным директором компаний Старка и оставил ему броню военной машины, чтобы он сохранил наследие Железного Человека. Роудс уважал желание своего друга на тот момент, убежденный в его смерти.
Однако на самом деле Тони поместил свое тело в криогенный резервуар, пока нанятые им люди переделывали всю его нервную систему. Как только он пришел в себя, Тони обнаружил, что ему нужно переучиться делать даже самые простые действия, но его чувства были обострены как никогда. Он рассказал правду Роудсу, который был взбешен тем, что его друг скрыл от него правду, и тут же ушел из компании Старка. Мстители тоже были разочарованы обманом Тони, и Роудс снова занял место Тони в группе. Тони позволил Роудсу оставить доспехи военной машины. Тони создал новую броню НТУ-150, которой он мог управлять со своей постели. Он также начал разрабатывать искусственный интеллект для помощи в его работе.
Когда в борьбе с огромным роботом НТУ-150 был уничтожен, Тони чуть не умер. Роудс нанял близких людей Тони, дав им старые версии костюмов, чтобы они сражались вместе "Железный Легион", но в конечном итоге именно Тони, оснащенный своей новой модульной броней, победил гигантского робота. Когда здоровье Капитана Америки, ухудшилось из-за ухудшения его сыворотки супер-солдата, Тони разработал для него броню, чтобы помочь ему остаться в живых, а также позволить ему продолжать борьбу с преступностью, вспоминая собственные испытания, через которые он сам прошел.
Вскоре разум Тони захватили и Мстители отправились в прошлое, чтобы молодой Старк помог им вернуть настоящего.Но в итоге настоящий Тони погибает и уже молодой занимает его место в этом времени.
"Новый Тони"
Молодой Тони Старк начал новую жизнь, в то время как бизнес Старка попал в руки Fujikawa Industries, японской компании, породив Stark-Fujikawa. Роудс в очередной раз удержал секреты Железного Человека от попадания их в чужие руки. Молодой Тони, одетый в костюм Железного Человека, погибает вместе с Фантастической Четверкой и Мстителями в битве с псионическим монстром под названием Onslaught. Однако все исчезнувшие герои были воссозданы на Новой Земле, сформированной силами молодого мутанта Франклина Ричардса, мира, в котором Тони Старк вернулся к жизни как взрослый, а не как подросток. В этом мире сердце Старка было повреждено во время атаки Халка, и ему пришлось снова надеть броню Железного Человека, чтобы остаться в живых. Он и другие люди, перенесенные на новую Землю, в конце концов узнали, что это не их родной мир, и вернулись домой. Вернувшись, Тони, оставшись взрослым, обнаружил, что у него есть воспоминания и опыт первоначального Тони Старка, смешанные с воспоминаниями альтернативного подростка Тони и человека, которым он был на новой Земле.