Тайфун Hagibis бушует в префектуре Сидзуока, к юго-западу от Токио с 7 часов вечера по местному времени (10:00 UTC) в субботу.
Тайфун, который, как ожидается, будет самым сильным за последние шесть десятилетий, обрушился на восточное побережье страны с сильными дождями.
По данным общественной телерадиокомпании NHK, приказы об эвакуации были выданы примерно на 600 000 человек.
Хагибис вызвал оползни и наводнения, в то время как землетрясение магнитудой 5,7 было зарегистрировано в Тибе, к востоку от Токио.
Один человек погиб в городе Итихара, к востоку от Токио, до того, как шторм достиг Земли, а местные СМИ сообщили, что он был в автомобиле, который перевернулся.
Хагибис уже вызвал серьезные перебои в транспортном обслуживании, а также в проведении спортивных мероприятий в стране. Два матча Кубка мира по регби были отменены, а квалификация на Гран-При Японии на трассе Сузука, в пяти часах езды к югу от столицы, была отложена. Более 1600 рейсов были задержаны, так как Японию фактически парализовало.
Японское метеорологическое агентство предупредило об опасных сильных осадках в Токио и соседних префектурах, включая Гумму, Сайтаму и Канагаву.
"Будьте готовы к осадкам такого рода, которые вы никогда не испытывали", - сказал официальный представитель метеорологического агентства Ясуси Каджихара, добавив, что на этот раз части страны, обычно безопасные для тайфунов, могут оказаться уязвимыми.
- Примите все необходимые меры, чтобы спасти свою жизнь, - сказал он.
Хагибис, что означает "скорость" на филиппинском языке, мчался в сторону японской столицы с ветром, который, как ожидается, достигнет максимальной скорости 216 километров в час (134 мили в час), сообщает JMA.
- JMA прогнозирует до 80 сантиметров (31,5 дюйма) осадков.
Люди запасались водой и продовольствием в преддверии ожидаемых отключений электроэнергии.
Кабинет премьер-министра Синдзо Абэ провел в пятницу совещание по ликвидации последствий стихийных бедствий. По его словам, для обеспечения безопасности граждан были развернуты 17 тысяч полицейских и военнослужащих.
"Тайфун может вызвать перебои в подаче электроэнергии, нанести ущерб инфраструктуре и существенно повлиять на жизнь людей", - сказал Абэ.
- Япония переживает приблизительно 20 тайфунов в год, но обычно они не сильно затрагивают Токио.
Хагибис приблизился всего через несколько недель после того, как еще один мощный шторм , Тайфун Faxai, привел к двум смертям и десяткам раненых в городе Тиба.
Тайфун, обрушившийся на Токио 61 год назад, привел к гибели более 1000 человек, а также вызвал затопление 500 000 домов.