1. Ряд монстров был вырезан и не вошёл в финальную версию игры, однако на базах группировок есть чучела котов-мутантов и головы химер, а сталкеры в анекдотах упоминают бюреров.
2. Вместо кровососа должен был быть хищник, но от этой идеи отказались, когда сюжет с пирамидами и роботами переделали в сюжет с Чернобылем и аномалиями.
3. В вырезанном Мёртвом Городе Стрелок должен был встретиться с Доктором после попадания в плен к наемникам на Армейских Складах, а затем бежать через тоже вырезанный Мёртвый Лес (Рыжий Лес).
4. Сидорович, а так же сталкеры на кордоне расказывают нам о фабрике на кордоне, которую заняли бандиты, хотя там никакой фабрики нет. Однако в билдах игры она есть, в финальной версии вместо нее зачемто сделали АТП, а вот тексты связаные с ней не поменяли.
5. Ранее присутствовал диалог с Волком, в котором можно было спросить его о "грузовиках смерти".
6. Пуля и его напарник которым вы помогаете в Темной долине потом идут на заставу Долга на Свалку, если там поговорить с ними они почему то рассказуют про Кордон, упоминая зомби в тунеле. В билде 1935 на Кордоне зомби там дествительно есть, но в финальной версии их вырезали вобще а в тунеле сделали аномалию которая перемещается (кстати нечто похожее есть в фильме "Сталкер" 1979 года, там это называется "мясорубка").
7. В баре один из сталкеров рассказывает что никто не может пробится через кладбища техники из-за выжигателя мозгов. В билдах вместо леса были эти кладбища техники, потом их заменили на лес а упоминания опять же не убрали.
8. В личных заметках есть заметка "После общения с Психом". Псих - это не сумасшедший свободовец, который сидит на болоте на Складах. Была вырезана такая сюжетная сцена:
После того как вы принесли документы из х-16 Бармен предлагает пройти к нему в подсобку и посмотреть на сталкера который вернулся с Радара, но тронулся умом. Выглядит он уже как зомби. Этот сталкер рассказует, что он и еще два его товарища прорывались через Выжигатель. Одного из них убили монолитовцы, а он и еще один попали под излучение. Тот третий вытащил его, но сам погиб. Псих говорит, что есть место, в котором можно дождатся понижения мощности излучателя, это как раз та комната напротив дороги на Припять. Он дает код от нее - 1287975, после чего застреливается. Если вы зайдете туда в игре, рябь от пси излучения пропадет. Еще там лежит 3 аптечки. В разделе "местный фольклор" есть история "О подорвавшихся к антеннам", это как раз история про тех 3 сталкеров.
9. На карте Зоны ТЧ рядом с Кордоном расположен завод «Росток», а в ЧН на его месте находятся Болота. «Ростком» условно считается территория вырезанного из приквела Бара. Изначально Болота планировали севернее «Ростка». На карте «Теней» можно найти очертания локации.
10. На карте Зоны видно что между Кордоном и Темной долиной есть какаято дорога. Изначально там планировалась еще одна локация, по сюжету вы должны были там скрыватся на машине от военных после прохождения х-18, кстати ворота возле перехода на Кордон нужно было протаранить машиной, поэтому их легко можно сорвать с петель.Но в финальную версию не вошли автомобили.
11. В ЧН исчезла локация «Подземелья Припяти» и обещанные там бюреры. Были вырезаны группировки «Последний день», «Грех». В игру так и не попало «привыкание к оружию» и не попали многие виды оружия, в том числе и М-134 «миниган», хотя он есть в нижней части главного меню.
12. Во вступительном ролике перед началом игры говорится что майор Дегтярёв начинает своё расследование «с двухнедельным запасом провизии» хотя в начале игры, в действительности, в его рюкзаке лежит палка колбасы, батон хлеба и 2 банки консервов. Остаётся только догадываться, как майор должен питаться этим 14 дней. Хотя можно предположить что Дегтярёв добирался до точки, где начинается игра, как раз где-то около двух недель, на что указывают некоторые звуковые файлы игры, вырезанные из вступительного ролика.
13. Планировалось, что в разделе "контакты" можно будет прочитать биографию любого сталкера с уникальным именем ( Сидорович, Лис, Мастер и т.д.), эти тексты есть в архивах игры.
14. Как известно, Чистое Небо имеет одну концовку: Шрам пробивает пси-защиту Стрелка и происходит Выброс. Потом Стрелка зомбируют агенты «О-Сознания» и игра заканчивается. Но, оказывается, разработчики вырезали вторую концовку. На ЧАЭС повсюду разбросаны порталы. Один из них по задумке должен телепортировать Шрама к одному из зданий, где засели шесть «монолитовцев». Но он телепортирует туда, откуда вы пришли. Так вот, можно обмануть игру и миновать портал по перилам лестницы, у которой он располагается. Тогда Шрам попадает к зданию, убивает «монолитовцев» и вам показывают ролик: Стрелок стреляет в вас и вы умираете от пулевого ранения. И сразу же игра вылетает.
