Дореволюционный период
В связи со строительством Амурской железной дороги (1907—1916) намечались пункты для закладки вдоль неё станций, посёлков городского типа и городов. Место пересечения реки Зеи и Амурской железной дороги на месте железнодорожного моста через Зею имело все данные для строительства крупного города. Слух об устройстве города в районе Суражевки быстро распространился среди широких слоёв населения, тем более, что новый город имел перспективы в будущем стать второй столицей Российской империи. В железнодорожное управление было подано 14 тысяч заявлений об отводе земельных участков от лиц, желающих поселиться в будущем городе. В конце августа 1911 года в Благовещенске при военном губернаторе Амурской области созывался целый ряд совещаний с участием представителей различных ведомств для обсуждения вопросов, касающихся строительства нового города. Было решено расположить город на возвышенном плато по обеим сторонам железной дороги. Совещание признало необходимым произвести отчуждение из Суражевского надела нужных для города земель, так как крестьяне деревни Суражевки категорически отказывались войти в состав будущего города.
После необходимых предварительных исследований вопрос об образовании города обсуждался на межведомственном совещании в Благовещенске 26 января 1911 года. Совещание окончательно решило вопрос об устройстве города в районе деревни Суражевки. Решено было также просить разрешение о наименовании проектируемого города Алексеевском в честь наследника престола царевича Алексея.
30 июля (12 августа) 1912 год, в день рождения Наследника Цесаревича, состоялась закладка города; торжество совершил епископ Благовещенский Евгений (Бережков) в присутствии приамурского генерал-губернатора Николая Гондатти, высших представителей администрации края и средне-амурской железной дороги, молящихся из числа жителей прежнего села Суражевки, переименованной теперь в Алексеевск.
После Революции
В апреле 1917 городское самоуправление переименовало Алексеевск в Свободный, Временное правительство России утвердило название 3 (16) июня 1917 год.
В пepвoй пoлoвинe ceнтябpя 1918 гoдa гopoд Cвoбoдный cтaл цeнтpoм Coвeтcкoй влacти Дaльнeгo Bocтoкa и Зaбaйкaлья. Πpичинoй тoмy cтaл зaxвaт aтaмaнoм Ceмёнoвым г. Читы, в тo вpeмя кaк япoнcкиe интepвeнты взяли Xaбapoвcк. Но 18 ceнтябpя 1918 гoдa япoнcкиe интepвeнты и бeлoгвapдeйцы вышли к Cвoбoднoмy. Πepвыe чacы иx пoявлeния были oзнaмeнoвaны кpoвaвыми злoдeяниями. Cилы были явнo нe paвны, и бoльшeвики были вынyждeны ocтaвить гopoд и yxoдить ввepx пo peкe Зeя в тaйгy.
В 1920 году в окрестностях города стали накапливаться корейские партизанские отряды, ориентировавшиеся на правительство Кореи в эмиграции, базировавшееся в Шанхае. Другая корейская группировка, выступавшая за освобождение Кореи от японского колониального гнёта, базировалась на Иркутск и тоже имела собственные вооружённые отряды. К лету 1921 года в городе было сосредоточено около 3000 «шанхайцев». В июне 1921 года начались ожесточённые бои между «шанхайскими» и «иркутскими» отрядами, завершившиеся разгромом «шанхайцев». «Шанхайцы» потеряли более 600 человек убитыми, 917 попали в плен, причём часть пленных была казнена после боя. Эти события, получившие в литературе название «Амурского инцидента», внесли глубокий раскол в корейское национально-освободительное движение и снизили эффективность антияпонской борьбы корейских вооружённых формирований. B гopoдe в 1918—1924 годax пpoживалo примepнo 10-12 тысяч житeлей.
В 1932—1938 годы Свободный был центром администрации Бамлага, одного из крупнейших подразделений ГУЛАГа Народного комиссариата внутренних дел СССР. По разукрупнении в 1938 году Бамлага, город стал центром администрации Амурлага. В 1941—1946 в городе располагалось управление Свободлага.
В послевоенные годы идёт дальнейший рост и развитие города. Свободный превращается во второй после Благовещенска промышленный центр Амурской области. В городе развиваются деревообрабатывающая, металлообрабатывающая промышленности, производство строительных материалов, судостроение, пищевая и другие отрасли. Промышленные предприятия города производили самую разнообразную продукцию: лесоматериалы, железнодорожные шпалы, самоходные и несамоходные баржи, дебаркадеры, запчасти автомашин, прессы, автокраны, отопительные радиаторы, одежду, пиво. Выпуск валовой продукции непрерывно рос. К 1960 году выпуск валовой продукции в городе возрос по сравнению с 1940 годом в 4,7 раза, а по сравнению с дореволюционным временем — в 140 раз. Промышленная продукция свободненских предприятий шла по всему Дальнему Востоку, Сибири, Уралу и даже за границу. Так, в Китай вывозились автокраны, автоприцепы; в Монголию — запасные части вагонов; в Японию — строительный лес; запасные части для автомобилей шли на Кубу, в Сирию, Афганистан и другие страны мира.
В городе к началу 1960-х годов было 22 начальных, 8-летних и средних школ, в которых обучалось около 12 тысяч учащихся. Медицинское обслуживание осуществляли 165 врачей и около 500 медицинских работников со средним медицинским образованием. В городе имеются городская, железнодорожная больницы, больница водников, туберкулёзная больница, 6 поликлиник, амбулатория, станция скорой помощи, родильный дом, 3 санитарно-эпидемиологических станции, кроме этого на крупных предприятиях имелось несколько медицинских пунктов.
В городе в 1959 году проживало 50 тысяч жителей. Для руководства торговлей и общественным питанием в 1947 году был создан Горторг.
B 1960—1980 годы гopoд пepeживал высшую точкy cвoeгo paзвития. B 1983 годy пocтpoeн новый жeлезнодopoжный вокзал нa cтанции Cвoбодный, являющийся oдним из лучшиx пo вceй Зaбaйкальской жeлезной дopoгe. За 1960—1980 годы город окончательно превратился в экономическом и культурном отношении во второй по значению город в области с населением в 80 тысяч. В 1980 году был принят план развития города его экономики на 20 лет до 2000 года, который не был исполнен вследствие начавшихся в стране преобразований в начале 1990-х.
Распоряжением правительства России от 29 июня 2014 года, Свободный включён в перечень монопрофильных муниципальных образований Российской Федерации (моногородов) в категорию муниципальных образований с наиболее сложным социально-экономическим положением (в том числе во взаимосвязи с проблемами функционирования градообразующих организаций).