Системная методология исследования организации носит специфический характер. Это в первую очередь моделирование. Моделирование - это метод «идеальных типов», модернизированный и развивающийся под влиянием общей теории систем, уже использовавшейся в 19 веке такими гигантами науки, как Карл Маркс, Макс Вебер и Вильфредо Парето. При системном подходе рекомендуется использовать вербальные сценарные модели организации, которые там, где это оправдано, дополняются частными математическими моделями, такими как логистические модели, разработанные на основе операционных исследований или модели обновления машинного парка. Можно и желательно смоделировать только некоторые аспекты функционирования организации. В системной теории организации модели выполняют все основные когнитивные функции: описание, объяснение, прогнозирование, эвристику и дизайн.
Описательная функция Функция описания состоит в присвоении определенных характеристик определенному объекту или процессу и представлению их с помощью модели. Примером может служить поэтапный график реализации проекта.
Функция объяснения Функция объяснения реальности с помощью моделей состоит в том, что, начиная с очень абстрактной формы модели, мы постепенно конкретизируем ее, пока не получим модель, которая, по нашему мнению, относительно мало отличается от реальности, то есть относительно адекватно ее объясняет. Примером может служить знаменитая Пирамида потребностей Авраама Маслоу.
Функция прогнозирования Функция прогнозирования модели генерирует утверждения, которые не являются ни истинными, ни ложными, поскольку они описывают факты в будущем. Как правило, они основаны на предположениях о неизменности или степени изменчивости параметров модели. Используя модель денежных потоков, можно спрогнозировать момент, когда организация потеряет финансовую ликвидность, однако, предполагая, что как динамика, так и структура доходов и расходов останутся неизменными или изменятся только в определенной степени.
Эвристическая функция Эвристическая функция модели состоит в «подсказке» гипотез, которые затем должны пройти некоторую проверку. Примером может служить гипотеза об искажении информации в процессе ее передачи, выведенная из модели информационного процесса Клода Шеннона .
Функция проектирования При проектировании процессов и структур используются упрощенные модели-прототипы. Примеры включают модели информации и процессов принятия решений, используемые при проектировании или реорганизации организации.