Бокасса родился 1921 году в достаточно крупной деревне Бобанги. Был одним из 12-ти детей, деревенского старосты.
Совсем ещё ребёнком, а именно в 6 лет, он осиротел, его отца расстреляли за выступления против французской колониально власти, а мать в скоре покончила с собой. Мальчика забрали на воспитание родственники. Они хотели, что бы Жан выучился и стал священником, однако, парень пошёл на службу, в колониальные войска французской армии. Окончание Второй мировой войны Бокасса встретил в Нормандии в чине старшего сержанта.
В 1949 году закончил офицерскую школу, с 1950 по 1953 принимал участие в Индокитайской войне. За боевые заслуги в ней был награждён орденом Почётного легиона и Лотарингским крестом. Продолжил военную службу в Браззавиле, в 1961 году получил звание капитана французской армии.
В 1962 году уволился из французской армии и поступил на службу в центральноафриканские вооружённые силы, получив звание майора. Президент ЦАР (Центрально Африканской республики), его кузен Давид Дако, в следующем году назначил Бокассу начальником штаба вооружённых сил и присвоил ему звание полковника в 1964 году.
С 31 декабря 1965 по 1 января 1966 года Бокасса совершил государственный переворот, сверг Дако и посадил его в тюрьму. С этого и начало его правление.
1976 года на чрезвычайном съезде партии было объявлено о переименовании Центральноафриканской Республики в Центральноафриканскую империю. Съезд принял имперскую конституцию, согласно которой император являлся главой исполнительной власти, а корона империи объявлялась наследственной, передаваемой по нисходящей мужской линии, в случае если император сам не назначит преемником одного из своих сыновей.
На его коронацию было потрачено более 20 миллионов долларов. Туфли, в которых он был во время церемонии, занесены в Книгу рекордов Гиннесса, как самые дорогие в мире. Церемониал во многих деталях копировал коронацию Наполеона I, которого новоявленный император считал своим образцом.
После свержения в его холодильнике нашли части человеческих тел, а повар экс-императора Филипп Ленгис рассказал, что его под страхом смерти заставляли готовить блюда из человеческого мяса. Однажды диктатор Бокасса приказал убить одного из своих министров, приготовить из него обед и накормить остальных министров. О том, что они едят, он объявил им только в конце обеда.
В империи царили жесточайший террор и жестокость. За малейшие провинности, назначали непомерные наказание, отрезали конечности, подвергали пыткам, казнили.
Он умер от инфаркта 3 ноября 1996.