Нинис начал карьеру в футбольной академии «Панатинаикоса». За несколько лет, которые он провёл там, полузащитник стал неотъемлемой частью молодёжного состава «Панатинаикоса».
22 декабря 2006 года руководство «Панатинаикоса» предложило Нинису 5-летний контракт. Однако только через две недели, 7 января 2007 года, главный тренер греческого клуба Виктор Муньос включил Сотириса в стартовый состав на матч с «Эгалео». Сезон 2007/08 был омрачён травмами. В стартовом матче против «Олимпиакоса» Нинис получил травму и выбыл на 3 месяца. Он вернулся в строй в декабре. Остаток сезона «Панатинаикос» проводил без него. Сезон 2008/09 для Сотириса начался хорошо. Новый главный тренер клуба Хенк тен Кате показал свою веру в молодого игрока, выпуская его в каждом матче предсезонки. 11 августа 2008 года Сотирис Нинис был выбран вице-капитаном. 23 сентября 2008 года Нинис продлил контракт с «Панатинаикосом» ещё на 4 года и показывал довольно стабильную игру, но в 2011 получил серьезную травму, сыграв за весь сезон 87 минут.
В марте 2012 года Нинис наконец-то перебрался в топ чемпионат, подписав контракт с «Пармой». Вот что сказал президент «Пармы» после подписания игрока сборной Греции:
«Это правда. Мы заполучили Ниниса, который является одним из самых одаренных молодых футболистов Европы. Гордимся, что он выбрал нас. Контракт Ниниса заканчивался и он мог выбрать более сильный клуб, но в итоге предпочел перейти в «Парму». Не забывайте, что он принимал участие на ЧМ-2010 и считается одним из главных талантов на континенте». Однако в Италии у футболиста не всё получалось, из-за прошлой травмы он очень долго набирал оптимальные кондиции и проиграл борьбу за место в основном составе. 22 августа 2014 года «Парма» расторгла контракт с Нинисом. Некоторое время футболиста сватали в московский «ЦСКА», в подписании игрока был заинтересован функционер Роман Бабаев. Однако трансфер провалился и Нинис вернулся в родной чемпионат Греции в «ПАОК», но даже там не всё получалось (12 матчей - 0 мячей). После этого Сотирис вернулся в родной «Панатинаикос» сроком на 2 сезона (23 матча - 0 мячей) и уехал в Бельгию на целых 4 сезона, но там преимущественно лечился.
- А что сейчас?
Нинис осел в Израиле. На данный момент играет в Хапоэле из Ашкелона. Хоть ему и 29 лет, но о крупных европейских чемпионатах уже можно не мечтать. Как и многих многообещающих футболистов его попросту сгубили постоянные травмы которые прервали его развитие как футболиста еще на самом начально этапе карьеры.